Викладачі:
проф. Цокур О.С.
доц. Вейланде Л.В.-В.

Тип вибіркова
Рік підготовки 2

Загальна кількість кредитів ECTS / годин: 3 / 90
Форма контролю залік

Предметом вивчення дисципліни «Педагогіка вищої школи» є система вищої освіти в Україні та світі, педагогічні процеси, які відбуваються в ній.

Метою дисципліни є теоретична підготовка здобувачів ступеня доктора філософії до здійснення дидактичної, науково-методичної, організаційно-педагогічної та інноваційно-педагогічної діяльності у вищій школі.

Завдання дисципліни:

- розкрити сутність основних теоретичних концепцій і методологічних підходів, категорій і понять, закономірностей та принципів навчання і виховання студентів закладу вищої освіти;
- забезпечити практичне оволодіння здобувачами ступеня доктора філософії традиційних й інноваційних методів, форм та технологій навчання й виховання студентів;
- розкрити теоретичні підходи й забезпечити опанування здобувачами ступеня доктора філософії провідних стратегій діяльності сучасного викладача й куратора (т’ютора, коуча) студентської академічної групи по формуванню соціально й професійно важливих якостей особистості;
- ознайомити з основами педагогічного менеджменту й моніторингу у закладах вищої освіти;
- долучити здобувачів до усвідомлення значущості педагогічних інновацій для подальшої модернізації вітчизняної вищої школи.

Очікувані результати навчання. Здобувач ступеня доктора філософії повинен:

знати і розуміти сутність:

-актуальних проблем розвитку вищої освіти в Україні та світі, шляхів і способів оновлення змісту виховання і навчання студентів в умовах модернізації вищої освіти в контексті євроінтеграції, інтерналізації міграції, інформатизації та глобалізації суспільства;
-державних нормативних документів про вищу освіту, тенденцій її розвитку, стратегічних завдань та пріоритетних напрямів модернізації та реформування національної системи вищої освіти;
-загальних основ і специфіки педагогіки вищої школи;
-методів та методики проведення наукових педагогічних досліджень в галузі дидактики вищої школи й теорії виховання студентів;
-теорії навчання студентів, структури освітнього процесу у вищій школі, його форм, методів, засобів та сучасних освітніх технологій;
-провідних видів навчальних занять, способів їх проектування, проведення й дидактичного аналізу;
-мети і провідних завдань професійного виховання студентів, способів формування їх національної свідомості, громадянської позиції, гендерної, моральної та науково-дослідницької культури;
-основних напрямів виховання студентів у процесі навчання та у позанавчальний час;
- педагогічної інноватики в системі вищої освіти;
-сучасних вимог до професіоналізму особистості та діяльності викладача вищої школи, його ролі у процесі вдосконалення освітньо-професійних програм і навчальних планів;

вміти:

-аналізувати основні нормативні та державні документи про вищу освіту та функціонування закладу вищої освіти;
- працювати з науково-педагогічними й дидактико-методичними першоджерелами;
-застосовувати отримані теоретичні знання у практиці навчання й виховання студентів;
-організовувати освітній процес у вищій школі із урахуванням традиційних та новітніх технологій навчання й виховання студентів;
- аналізувати навчально-методичні комплекси дисциплін;
- розробляти робочі програми з дисциплін спеціалізації;
-розробляти плани-конспекти лекцій, практичних, семінарських занять для здобувачів вищої освіти;
-складати портфоліо для навчальних тем дисциплін спеціалізації;
-проектувати й ефективно застосовувати різні способи й засоби контролю академічних успіхів студентів, а також здійснювати моніторинг якості освітнього процесу;
-забезпечувати демократичний, особистісно зорієнтований, гуманістичний стиль керівництва в сфері вищої освіти;
-аналізувати й прогнозувати наслідки впровадження педагогічних інновацій у вищій школі;

володіти:

-сучасними технологіями викладання навчальних дисциплін;
-інноваційними засобами організації самостійно-пошукової й науково-дослідницької діяльності студентів;
-інтерактивними техніками організації навчально-пізнавальної й навчально-професійної діяльності студентів;
-демократичним стилем педагогічного спілкування;
-засобами педагогічної техніки, майстерності та артистизму.

Зміст дисципліни:

1. Предмет, завдання і соціальна місія педагогіки вищої школи. Основи наукових досліджень у галузі педагогіки вищої школи. Історія і тенденції розвитку вищої освіти.
2. Специфіка організації процесу навчання у вищій школі. Дидактичні підходи і принципи, методи і форми навчання у вищій школі. Сучасні технології навчання у вищій школі. Основи педагогічного контролю та моніторингу якості освітнього процесу у вищій школі. Студент як суб’єкт навчання і здобувач вищої освіти.
3. Специфіка організації процесу виховання у вищій школі. Принципи, методи і форми виховання у вищій школі. Виховна робота куратора академічної групи.
4. Концептуальні засади педагогічного менеджменту у вищій школі. Специфіка науково-педагогічної діяльності викладача вищої школи як менеджера освітнього процесу. Система організації науково-методичної роботи у вищій школі
5. Інновації в системі вищої освіти. Викладач вищої школи як суб’єкт інноваційної педагогічної діяльності.

РЕКОМЕНДОВАНА ЛІТЕРАТУРА:

Законодавчі і нормативні документи
1. Закон України «Про освіту» URL: vnz.org.ua/zakonodavstvoosvitu.
2. Закон України « Про вищу освіту» URL: vnz.org.ua/zakonodavstvo/111-zakon-ukrayiny-pro-vyschu-osvitu.
3. Концепція розвитку педагогічної освіти: Затверджено Наказом Міністерства освіти і науки України від 16 липня 2018 р. № 776.
4. Національна стратегія розвитку освіти в Україні на період до 2021 року: Указ Президента України від 25 червня 2013 р. № 344.
5. Положення про освітньо-кваліфікаційні рівні (ступеневу освіту). Постанова КМ України від 20.01.1998 р. № 65.Офіційний вісник України. 1998. №3. С.202-207.
6. «Про затвердження переліку галузей знань і спеціальностей, за якими здійснюється підготовка здобувачів вищої освіти». Постанова КМ України від 29.04.2015 № 266.
7. Про Державну національну програму «Освіта» («Україна XXI століття») : Постанова Кабінету Міністрів України No 896 від 03. 11.2004 р.
8. Про затвердження Національної рамки кваліфікацій України: Постанова КМ України N1341 від 23.11.2011 р.
9. Про Національну доктрину розвитку освіти : Указ Президента України N 347/2002 від 17.04.2002 р.
10. Про організацію навчального процесу в кредитно-модульній системі підготовки фахівців: Тимчасове положення. Наказ МОН Украни від 23.01.2004. №48.
11. Про Положення про національний заклад (установу) України : Указ Президента України N 1334/2004 (1334/2004) від 02.11.2004 р.

Підручники та навчальні посібники

1. Алексюк А.М. Педагогіка вищої освіти України: Історія. Теорія: Підручник для студентів, аспірантів та молодих викладачів вищих навчальних закладів. К.:Либідь, 1998. 554 с.
2. Артемова Л.В. Педагогіка і методика вищої школи: Навч.- метод. посіб. К.: Кондор, 2008. 272 с.
3. Барановська Л.В. Педагогіка та психологія вищої: школи:навч.посб. К.: НАУ, 2015. 240с.
4. Вітвицька С.С. Основи педагогіки вищої школи : підручник. К. : Центр навч. літератури, 2006. 384 с.
5. Кнодель Л. В. Педагогіка вищої школи : посібник. К.: Вид. Паливода А.В., 2008. 136 с.
6. Кузьмінський А.І. Педагогіка вищої школи: навчальний посібник. К.: Знання, 2005. 486с.
7. Кудіна В.В., Соловей М.І., Спіцин Є.С. Педагогіки вищої школи. К.: Ленвіт, 2007.
8. Мороз О. Г. Педагогіка і психологія вищої школи : навч. посіб. К.: НПУ, 2003. 267с.
9. Педагогика и психология высшей школы : учеб. пособие для вузов / ред. М.В.Буланова-Топоркова. Ростов н/Д: Феникс, 2002. 544 с.
10. Педагогика и психология высшей школы: Учеб. пособ. для студ. и аспирантов вузов / Под ред. С.И.Самыгина. Ростов-на-Дону: Феникс, 1998. 544с.
11. Приходько М.І. Педагогіки вищої школи: курс лекцій. Запоріжжя ЗДУ, 2001. 150 с.
12. Туркот Т.І. Педагогіка вищої школи: Навч. посібник. К.: Конкор, 2011. 628 с.
13. Фіцула М. М. Педагогіка вищої школи : навч. посібник. К.: "Академвидав", 2006. 352 с.
14. Хрестоматія з педагогіки вищої школи : навч. посібн. / за заг. ред. В. І. Лозової. Х.: Віровець А.П. "Апостроф", 2011. 408 с.

Електронні інформаційні ресурси

1. Офіційний сайт Міністерства освіти і науки України;
2. Сайт Національної бібліотеки України імені В.І. Вернадського;
3. Сайт Державної науково-педагогічної бібліотеки України імені В.О. Сухомлинського;
4. Освітній портал – освіта в Україні, освіта за кордоном;
5. Освітній шкільний інтернет-портал «Острів знань»;
6. Офіційні документи ОНУ ім. І.І.Мечникова

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• ПОСИЛАННЯ НА МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ «ПЕДАГОГІКА ВИЩОЇ ШКОЛИ»

Місце навчальної дисципліни в структурі освітнього процесу:
– 1-2-й рік.

Мета дисципліни: теоретичне і емпіричне вивчення проблем і методів оптимізації часових витрат в різних сферах і галузях людської життєдіяльності

Завдання дисципліни: навчання плануванню і ефективному використанню особистого і робочого часу; формування навичок і цілеполагання і самоорганізації; формування відповідальності і професіоналізму сучасного науковця з урахуванням управління часом; формування мотивації і навичків високоефективної роботи в середовищі з високою мірою невизначеності.

Змістовні модулі дисципліни:

1. Планування і цілепокладання як складові управління часом.
2. Ефективне управління часом як ресурсом.
3. Підвищення особистої ефективності у умовах управління часом.

Дисципліна спрямована на формування наступних компетенцій:

Компетентності соціально-особистісні:

ЗК 02. Здатність до саморозвитку та самовдосконалення впродовж життя.
ЗК 04. Здатність до міжособистісної взаємодії (робота в команді).

спеціальних:

СК 06. Здатність обирати оптимальні шляхи і методи вирішення завдань дослідження, інтерпретувати та аналізувати їх результати.

Обсяг дисципліни: На вивчення навчальної дисципліни відводиться 90 годин, що становить 3 кредитів ЄКТС.

Оцінювання дисципліни: (поточне оцінювання, модульний контроль (1), підсумковий контроль – залік).

В процесі вивчення дисципліни аспіранти навчаються технікам управління часом, які легко інтегруються у повсякденне життя. З’ясовують особливості цілепокладання як "головного секрету" ефективного управління часом, навчаються усвідомлювати особистісні цілі, будувати цільову перспективу, знайомляться з принципами планування; підвищують ефективність в комунікаціях, навчаються принципам формалізації інформації, отримають допомогу в боротьбі з прокрастинацією

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• ПСИХОЛОГІЯ ЕФЕКТИВНОГО УПРАВЛІННЯ ЧАСОМ (МЕТОДИЧНІ РЕКОМЕНДАЦІІ ДО САМОСТІЙНОЇ РОБОТИ)

Метою вивчення курсу «Інтернаціоналізація освітньо-наукової діяльності» є формування системи знань з теоретичних, методологічних і прикладних положень парадигми інтернаціоналізації в сфері сучасної вищої освіти і науки з урахуванням глобальних тенденцій, викликів та соціально-економічних трансформацій.

Логіка і структура курсу «Інтернаціоналізація освітньо-наукової діяльності» дозволить PhD-студентам засвоїти необхідний обсяг знань, що дає можливість досягти високого рівня професійної компетентності у науково-дослідній сфері відповідно до стандартів ESG.

Завдання. Основними завданнями курсу є вивчення таких проблем, як:

- дослідження процесів інтернаціоналізації в сфері освіти і науки на національному, галузевому, інституційному рівнях;
- вивчення механізмів функціонування основних форм інтернаціоналізації вищої освіти і науки – внутрішньої (Internationalization at Home) та зовнішньої (Internationalization Abroad);
- розробка цільових орієнтирів, методів, засобів, інструментів інтернаціоналізації ринку освітніх послуг та наукових досліджень;
- вивчення особливостей програм академічної мобільності (індивідуальної, студентської та НПП, мобільність освітніх програм, інституційна мобільність);
- набуття вмінь критично аналізувати моделі інтернаціоналізації освітньої діяльності на наукових досліджень.

Процес вивчення дисципліни спрямований на формування елементів наступних компетентностей:

Загальні компетентності:

- Взаємодія (робота в команді). Міжособистісні навички та вміння;
- Здатність ініціювати, розробляти і реалізовувати комплексні інноваційні проекти, виявляти лідерські якості та відповідальність під час їх реалізації;
- Здатність працювати у міжнародному середовищі;
- Здатність до пошуку, оброблення та аналізу інформації з різних джерел;
- Здатність до навчання, саморозвитку та самовдосконалення впродовж життя.
Спеціальні компетентності:
- Здатність усно і письмово презентувати та обговорювати результати наукових досліджень українською та англійською мовами, глибоке розуміння англомовних наукових текстів;
- Здатність здійснювати науково-педагогічну діяльність.
Програмні результати навчання:
- Вміти працювати у міжнародному середовищі, створювати дійові системи комунікації з зарубіжними колегами, розуміти особливості ділового спілкування з представниками країн різних культур;
- Вміти усно та письмово використовувати іноземну мову у науковій, інноваційній та педагогічній діяльності (усний виступ на конференції, використання іноземної мови у ділових переговорах щодо комерціалізації результатів наукового дослідження, проведення іноземною мовою лекцій і семінарів, консультування студентів іноземною мовою, проведення іноземною мовою одноразових презентаційних та профорієнтаційних лекцій для різних категорій слухачів тощо);
- Використовуючи знання іноземної мови, мати навички збору інформації, вміти збагачувати свій інтелект шляхом самоосвіти, вміти накопичувати знання та навички з різних аспектів науково-професійної діяльності;
- Вміти виконувати наукові дослідження із застосуванням сучасних методологічних основ реалізації експерименту; моделювати основні процеси майбутнього дослідження; документально оформлювати результати досліджень;
- Здатність до участі у міждисциплінарних проектах та вміти використовувати результати наукових досліджень інших галузей науки для досягнення цілей власного наукового дослідження;
- Вміти ініціювати, організовувати та проводити комплексні теоретичні та експериментальні дослідження в галузі науково-дослідницької та інноваційної діяльності, які приводять до отримання нових знань;
- Вміти професійно презентувати результати своїх досліджень на міжнародних наукових конференціях, семінарах для вітчизняного та світового співтовариства;
- Вміти використовувати отримані знання і практичні навички в процесі управління проектами, програмами.

Очікувані результати навчання. В результаті вивчення навчальної дисципліни PhD-студент повинен
знати: загальні закономірності визначення сутності поняття «інтернаціоналізація освітньо-наукової діяльності», її форм, основні види академічної мобільності та можливості їх реалізації, механізми формування нових міжнародних стандартів освітніх програм, форми і процедури імплементації програм «подвійних дипломів», механізми інтеграції в освітні програми та наукові дослідження міжнародного виміру та стандартів, експорт освітніх послуг та результатів наукових досліджень, створення стратегічних освітньо-наукових альянсів;
вміти: критично оцінювати і порівнювати теоретичні концепції і світові практики інтернаціоналізації освітньої діяльності та наукових досліджень для аналізу проблем реалізації їх стратегічних пріоритетів, використовувати фундаментальні знання для імплементації існуючих та розробки нових цільових орієнтирів, методів, засобів, інструментів інтернаціоналізації ринку освітніх послуг та наукових досліджень і надання відповідних рекомендацій.

3. Зміст навчальної дисципліни:

Змістовний модуль 1. Теоретико-методологічні основи інтернаціоналізації освітньо-наукової діяльності. Інтернаціоналізація: дефініційне визначення та роль в сучасному освітньому середовищі. Інтернаціоналізація освітньо-наукової діяльності як чинник конкурентоспроможності сучасного ЗВО. Академічна мобільність в умовах інтернаціоналізації освіти і науки.

Змістовний модуль 2. Прикладні положення реалізації інтернаціоналізації освітньо-наукової діяльності сучасного ЗВО. Основи підготовки проектних заявок і фандрайзинг. Міжнародна грантова підтримка індивідуальної академічної мобільності. Міжнародна грантова підтримка проектів у галузі освіти і науки.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Робота з даними, їх систематизація та аналіз займають важливе місце у всіх сферах професійної діяльності. Саме статистика стає основою наукових досліджень і дає методологічну основу, інструментарій, що дозволяє представити усю логічну послідовність роботи із інформацією. Дисципліна «Методи статистичної обробки даних» забезпечує ознайомлення аспірантів з основними статистичними методами обробки результатів наукових досліджень, побудови та аналізу агрегованих показників, моделей, які відображають можливості подальшого встановлення специфічних статистичних закономірностей функціонування різних систем. У курсі розглядаються основні методи збору, обробки, систематизації та узагальнення масової інформації про стан і розвиток процесів і явищ; статистичні методи і підходи до проведення статистичних розрахунків.

Мета навчальної дисципліни: освоєння теоретичних знань в області статистики, набуття вмінь використання методів отримання та обробки статистичної інформації в наукових дослідженнях, здійснення комплексних статистичних досліджень, в тому числі міждисциплінарних. На основі цілісного, системного наукового пізнання явищ, причинного аналізу процесів, що відбуваються - прогнозувати і проектувати їх.

Вихідний рівень компетенцій, знань і умінь, якими повинен володіти аспірант, приступаючи до вивчення даної дисципліни: знання, вміння, навички, сформовані в процесі вивчення вищої математики (математичного аналізу, лінійної алгебри, теорії ймовірностей).

Програмні результати навчання:

Аспірант повинен знати:
-методи науково-дослідницької діяльності, в тому числі статистичні методи і підходи до проведення статистичних розрахунків;
- основні джерела і методи пошуку наукової інформації у відповідній професійній області;
- методи збору, обробки, систематизації та узагальнення масової інформації про стан і розвиток процесів і явищ;
-статистичні методи аналізу даних.

Аспірант повинен вміти:

-збирати, відбирати і використовувати необхідні дані і ефективно застосовувати статистичні методи для їх аналізу в професійній області ;
- використовувати методи наукового пізнання з урахуванням їх можливостей у вирішенні пізнавальних і дослідницьких завдань, проводити статистичні розрахунки, використовуючи інноваційні методи ;
-використовувати в практичних прикладних задачах методи збору, обробки, систематизації та узагальнення масової інформації про стан і розвиток процесів і явищ;
-використовувати статистичні методи обробки та аналізу результатів досліджень.

ПРОГРАМА НАВЧАЛЬНОЇ ДИСЦИПЛІНИ

Змістовий модуль1. Основи статистики
Розділ 1. Статистична методологія дослідження масових явищ в суспільстві і природі.
Розділ 2. Статистичні розподілу та статистичні закономірності.
Розділ 3. Статистична теорія вибірки. Статистична перевірка гіпотез.

Змістовий модуль 2. Дисперсійний аналіз. Кореляційний та регресійний аналіз.
Розділ 4. Планування експерименту і дисперсійний аналіз (Основні поняття дисперсійного аналізу. Моделі: випадкова, детермінована, змішана. Однофакторний і двофакторний дисперсійний аналіз.)
Розділ 5. Теорія кореляції і регресії. (Парна кореляція і регресія. Завдання кореляційного і регресійного аналізу. Вихідні передумови регресійного аналізу і властивості оцінок. Парна лінійна регресійна модель. Рангова кореляція. Нелінійна парна кореляція.)
Розділ 6. Множинна кореляція і регресія (Завдання і проблеми кореляційного аналізу. Двовимірна кореляційний модель. Тривимірна кореляційний модель. Методи оцінки кореляційних моделей. Перевірка значущості множинного рівняння регресії.)

Змістовий модуль 3. Аналіз часових рядів.
Розділ 7. Аналіз часових рядів. (Особливості кореляції і регресії часових рядів Поняття і класифікація часових рядів. Основні правила побудови часових рядів.Тренд, сезонна, циклічна, випадкова компонента.)
Розділ 9. Використання пакетів MS Excel та STATISTICA для статистичних досліджень.

Мова викладання: українська.
Кількість кредитів:
Термін вивчення: дисципліна вивчається за вибором аспіранта (блок І), на 1 або 2 році навчання за освітньо-науковим рівнем «доктор філософії» в обсязі 90 годин, у тому числі 30 годин аудиторних занять (16 год. – лекційні заняття, 14 год. – практичні заняття), 60 годин самостійної роботи.

Викладач: Савастру Ольга Володимирівна, кандидат фізико-математичних наук, доцент, доцент кафедри комп’ютерної алгебри та дискретної математики.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 1-2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття
Викладач: доктор біол. наук, с.н.с. Макаренко Ольга Анатоліївна
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра фізіології людини та тварин, Email makolga29@gmail.com

Опис дисципліни

Мета і завдання дисципліни

Мета дисципліни полягає у підготовці фахівців здатних розв’язувати комплексні проблеми біології при проведенні дослідницько-інноваційної діяльності, а також розуміти закономірності виникнення і розвитку патологічної фізіології клітини та порушень основних видів обміну речовин.

Завдання:

1. Розкриття основних механізмів пошкодження клітини і окремих її проявів.
2. Вивчення механізмів реалізації стресу. Поняття адаптації, компенсації, реактивності.
3. Встановлення особливостей порушень вуглеводного, жирового, білкового та водно-сольового обміну.
4. Вивчення патологічних процесів при порушенні обміну макро-, мікроелементів і вітамінів.

Результати навчання:

ПР1. Демонструвати концептуальні та методологічні знання з біології, її історії розвитку та сучасного стану наукових знань.
ПР3. Застосовувати сучасні інструменти і технології пошуку, оброблення та аналізу інформації у сфері професійної діяльності або навчання.
ПР5. Обирати і застосовувати найбільш доцільні методи та інструментарій при здійсненні емпіричних досліджень у галузі біології
ПР6. Розробляти та управляти науковими проєктами в галузі біології з урахуванням соціальних, економічних, екологічних та правових аспектів.
ПР10. Дотримуватися норм академічної доброчесності та професійної етики, авторського і суміжних прав інтелектуальної власності
ПР11. Аналізувати та оцінювати сучасні досягнення біології, а також результати власних досліджень, співставляти їх з результатами інших дослідників у контексті всього комплексу сучасних знань щодо досліджуваної проблеми.

Форми та методи контролю.

Контроль студентів здійснюється шляхом:

– опитування студентів на практичних заняттях;
– перевірки письмових контрольних робіт, які виконані під час лекційних занять;
– оцінювання підсумкової контрольної роботи.

Екзаменаційна оцінка студентів розраховується шляхом врахування всіх отриманих ними оцінок за поточного контролю та оцінки за підсумкову контрольну роботу.

Політика оцінювання.

Згідно з діючою в університеті системою комплексної діагностики знань здобувачів вищої освіти, оцінка знань здійснюється за 100-баловою системою, яка переводиться відповідно у національну шкалу («відмінно», «добре», «задовільно», «незадовільно») та шкалу європейської кредитно-трансферної системи (ЄКТС –А, В, С, D, E, FX, F).

Основна література:

1. Атаман О.В. Патологічна фізіологія в запитаннях і відповідях. Навчальний посібник – Вінниця: Нова книга, 2010. – 512 с.: іл.
2. Патофизиология. Учебник / Под ред. Н.Н. Зайко, Ю.В. Быця, Н.В. Крышталя. – Киев: ВСИ «Медицина», 2015. – 765 с.
3. Патологическая физиология / Под ред. А.Д. Адо, М.А. Адо, В.И. Пыцкого, Г.В. Порядина, Ю.В. Владимирова. – М.: Триада-Х, 2001. – 487 с.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• РЕАКТИВНІСТЬ ТА РЕЗИСТЕНТНІСТЬ. ПОНЯТТЯ ПРО ІМУНІТЕТ(ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ПОРУШЕННЯ ВОДНО-ЕЛЕКТРОЛІТНОГО ОБМІНУ(ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ПАТОФІЗІОЛОГІЯ КЛІТИНИ(ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ПАТОФІЗІОЛОГІЯ ЖИРОВОГО ТА БІЛКОВОГО ОБМІНУ(ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ПАТОФІЗІОЛОГІЯ КИСЛОТНО-ОСНОВНОГО СТАНУ ТА ВОДНО-СОЛЬОВОГО ОБМІНУ(ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ПАТОФІЗІОЛОГІЯ ВУГЛЕВОДНОГО ОБМІНУ(ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ВІДСТРОЧЕНІ РЕАКЦІЇ НА ТРАВМАТИЧНІ СИТУАЦІЇ 3(ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 1-2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладач: доктор біол. наук, с.н.с. Макаренко Ольга Анатоліївна
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра фізіології людини та тварин,
Email makolga29@gmail.com

Опис дисципліни

Мета і завдання дисципліни:

Мета дисципліни полягає у підготовці фахівців здатних розв’язувати комплексні проблеми біології при проведенні дослідницько-інноваційної діяльності, а також розуміти механізми розвитку типових патологічних процесів.

Завдання:

1. Розкриття основних механізмів розвитку місцевих розладів кровообігу.
2. Вивчення етіології та патогенезу запалення.
3. Розкриття основних механізмів розвитку гіпоксії, гарячки, голодування.
4. Вивчення етіології та патогенезу клітинного росту.
5. Вивчення патологічної фізіології імунітету та розвитку алергії.

Результати навчання:

ПР1. Демонструвати концептуальні та методологічні знання з біології, її історії розвитку та сучасного стану наукових знань.
ПР2. Володіти навичками критичного сприйняття інформації, аналітичного мислення, наукового підходу для вирішення складних спеціалізованих задач, наукових і практичних проблем, та в навчанні.
ПР3. Застосовувати сучасні інструменти і технології пошуку, оброблення та аналізу інформації у сфері професійної діяльності або навчання.
ПР4. Вміти формулювати наукову проблему, розробляти та перевіряти гіпотези, визначати актуальність, мету, завдання, необхідні ресурси та час для реалізації самостійного наукового дослідження , що передбачає глибоке переосмислення наявних та створення нових цілісних знань та/або професійної практики.
ПР5. Обирати і застосовувати найбільш доцільні методи та інструментарій при здійсненні емпіричних досліджень у галузі біології
ПР6. Розробляти та управляти науковими проєктами в галузі біології з урахуванням соціальних, економічних, екологічних та правових аспектів.
ПР10. Дотримуватися норм академічної доброчесності та професійної етики, авторського і суміжних прав інтелектуальної власності
ПР11. Аналізувати та оцінювати сучасні досягнення біології, а також результати власних досліджень, співставляти їх з результатами інших дослідників у контексті всього комплексу сучасних знань щодо досліджуваної проблеми.

Форми та методи контролю.

Контроль студентів здійснюється шляхом:

– опитування студентів на практичних заняттях;
– перевірки письмових контрольних робіт, які виконані під час лекційних занять;
– оцінювання підсумкової контрольної роботи.

Екзаменаційна оцінка студентів розраховується шляхом врахування всіх отриманих ними оцінок за поточного контролю та оцінки за підсумкову контрольну роботу.

Політика оцінювання.

Згідно з діючою в університеті системою комплексної діагностики знань здобувачів вищої освіти, оцінка знань здійснюється за 100-баловою системою, яка переводиться відповідно у національну шкалу («відмінно», «добре», «задовільно», «незадовільно») та шкалу європейської кредитно-трансферної системи (ЄКТС –А, В, С, D, E, FX, F).

Основна література:

1. Атаман О.В. Патологічна фізіологія в запитаннях і відповідях. Навчальний посібник – Вінниця: Нова книга, 2010. – 512 с.: іл.
2. Патофизиология. Учебник / Под ред. Н.Н. Зайко, Ю.В. Быця, Н.В. Крышталя. – Киев: ВСИ «Медицина», 2015. – 765 с.
3. Патологическая физиология / Под ред. А.Д. Адо, М.А. Адо, В.И. Пыцкого, Г.В. Порядина, Ю.В. Владимирова. – М.: Триада-Х, 2001. – 487 с.
4. Типові патологічні процеси: навч. посіб. / Н. А. Рикало [та ін.]; ред. Н. А. Рикало; рец.: Н. В. Заїчко, Ю. І. Бондаренко ; Вінниц. НМУ ім. М. І. Пирогова, каф. патофізіології. - Вид. 2-ге, перероб. і допов. - Вінниця, 2016. - 148 с.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• ГІПОКСІЯ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ЗАПАЛЕННЯ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ПАТОЛОГІЯ ІМУННОЇ РЕАКТИВНОСТІ - АЛЕРГІЯ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ПАТОФІЗІОЛОГІЯ ГОЛОДУВАННЯ ТА СИСТЕМИ ТЕРМОРЕГУЛЯЦІЇ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)
• ПАТОФІЗІОЛОГІЯ ТКАНИННОГО РОСТУ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)

Рік підготовки 1-2
Загальна кількість кредитів ECTS / годин: 3 / 90
Форма контролю залік

Метою викладання нормативного курсу «Комп’ютерне моделювання стану популяцій» є ознайомлення з математичними поняттями і популярними методами комп'ютерного моделювання, знання яких необхідне для успішного дослідження в області біології; освоять відомий пакет програм, до складу якого входять CMSY, AMSY, BSM, LBB, BCrumb для комп'ютерного моделювання стану популяцій.

Завданням курсу є освоєння основних математичних понять і методів, які використовуються при комп'ютерному моделюванні стану популяцій, набуття навичок обробки, класифікації, аналізу і інтерпретації даних у відповідному програмному забезпеченні.

Результати навчання:

Застосовувати сучасні інструменти і технології пошуку, оброблення та аналізу інформації у сфері професійної діяльності або навчання.

Вміти формулювати наукову проблему, розробляти та перевіряти гіпотези, визначати актуальність, мету, завдання, необхідні ресурси та час для реалізації самостійного наукового дослідження , що передбачає глибоке переосмислення наявних та створення нових цілісних знань та/або професійної практики.
Обирати і застосовувати найбільш доцільні методи та інструментарій при здійсненні емпіричних досліджень у галузі біології

Розробляти та досліджувати концептуальні, математичні і комп’ютерні моделі процесів і систем, ефективно використовувати їх для отримання нових знань та/або створення інноваційних продуктів у біології та дотичних міждисциплінарних напрямах.

Зміст дисципліни:

Огляд сучасних комп’ютерних моделей для оцінки стану популяції. Рівняння Шефера. Стохастичний метод обчислення Монте-Карло. Оцінка коефіцієнтів, що характеризують популяцію. Продукційна модель CMSY за даними вилову. Вдосконалена байєcівська продукціна модель BSM.

Література:

1. Froese R., Demirel N., Coro G., Kleisner K., Winker H. Estimating fisheries reference points from catch and resilience // Fishand Fisheries, 18 (3). – 2017. – pp. 506-526.
2. R. Froese, N. Demirel, G. Coro and H. Winker. A Simple User Guide for CMSY and BSM. – 2019. – 11 с.
3. Математическое и компьютерное моделирование в биологии : учеб.-метод. пособие / С. Е. Дромашко. – 2009. – 65 с.
4. Goodyear C. P. Spawning stock biomass per recruit in fisheries management: foundation and current use // Can. Spec. Publ. Fish. Aquat. Sci., vol. 120. – 1993. – pp. 67–82.
5. Modeling Life / Alan Garfinkel, Jane Shevtsov, Yina Guo. – Springer New York. – 2017. Безкоштовне завантаження на сайті Springer.
6. Methods of Mathematical Modelling / Thomas Witelski, Mark Bowen. – Springer New York. – 2015. Безкоштовне завантаження на сайті Springer.
7. Froese R., Winker H., Coro G., Demirel N., Tsikliras A., Dimarchopoulou D., Scarcella G., Probst W.N., Dureuil M., Pauly D.. A new approach for estimating stock status from length frequency data // ICES Journal of Marine Science, vol. 75 (6). – 2018. – pp. 2004-2015.
8. Hordyk A., Ono K., Sainsbury K., Loneragan N., and Prince J. Some explorations of the life history ratios to describe length composition, spawning?per?recruit, and the spawning potential ratio // ICES Journal of Marine Science, vol. 72 (1). – 2015. – pp. 204-216.
9. Methot R., Wetzel C. Stock synthesis: A biological and statistical framework for fish stock assessment and fishery management // Fish. Res., vol. 142. – 2013. – pp. 86-99.
10. Nielsen, A., Berg, C. 2014. Estimation of time-varying selectivity in stock assessments using state-space models // Fish. Res., vol. 158. – 96–101 pp.
11. Sparre P., Venema C. S. Introduction to tropical fish stock assessment. P. I: Manual. – Rome: FAO Fish. Tech. Pap. Rev. vol. 306/1, Rev. 2. – 1998. – 407 p.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• ОЦІНКА ЗАПАСУ ПРОМИСЛОВИХ ВИДІВ КОРОПОВИХ РИБ ПРИДУНАЙСЬКИХ ОЗЕР (МЕТОДИЧНИЙ ПОСІБНИК)
• ОЦІНКА РИБОПРОДУКТИВНОСТІ ПРИДУНАЙСЬКИХ ОЗЕР ЗА СТАНОМ МАКРОЗООБЕНТОСУ (МЕТОДИЧНІ РЕКОМЕНДАЦІЇ ДО ПРАКТИЧНИХ ЗАНЯТЬ З ДИСЦИПЛІНИ «ЕКОЛОГІЯ РИБ» ДЛЯ СТУДЕНТІВ БІОЛОГІЧНОГО ФАКУЛЬТЕТУ)
• ПОСИЛАННЯ НА МЕТОДИЧНІ ТА ДОВІДКОВІ МАТЕРІАЛИ

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладач: докт. біол. наук, професор Ткаченко Федір Петрович
Контактна інформація: Факультет біологічний, кафедра ботаніки, e-mail Tkachenko@onu.edu.ua

Опис дисципліни

Мета і завдання дисципліни Метою викладання цього спеціального курсу є передбачення розвитку патологічних станів рослин, викликаних порушенням у них різних метаболічних процесів під впливом паразитів, або несприятливих умов навколишнього середовища.

Основними задачами курсу є:

1. Ознайомити аспірантів з основними ознаками хвороб рослин;
2. Показати залежність розвитку хвороб рослин від умов навколишнього середовища.
3. Ознайомити аспірантів з сучасними методами і засобами підтримання імунітету рослин з метою збереження врожайності і якості рослинної продукції.

Результати навчання:

В результаті вивчення навчальної дисципліни аспірант повинен знати:

- як застосувати фундаментальні знання з теорії та практики сучасних молекулярно-генетичних та молекулярно-біологічних методів дослідження біологічних об’єктів;
- як взаємодіють організми в системі хазяїн-паразит, прогнозувати наслідки втручання у цю взаємодію;
- як проводити науково-дослідні та інноваційні роботи із захисту рослин.

Форми та методи контролю.

Оцінювання аспірантів здійснюється за 100-бальною шкалою. шляхом:

• опитування на практичних заняттях;
• оцінювання виконаних індивідуальних завдань.

Форми і види контролю:

Форма підсумкового контролю з дисципліни – залік.

Методи контролю:

Поточний контроль – усне опитування під час занять.
Підсумковий контроль – письмова контрольна робота.

Підсумкове оцінювання аспірантів здійснюється шляхом врахування всіх отриманих ними оцінок за поточного контролю та оцінки за контрольну роботу. Загальна оцінка з дисципліни розраховується за сумою балів, отриманих за результатами оцінювання самостійної роботи у вигляді письмового контрольного завдання та підсумкової контрольної роботи.

Основна література:

1. Фітопатологія. Підручник / за ред. Маркова І. Л. – К.: Вид-во Ліра, 2019. – 548 с.
2. Сільськогосподарська фітопатологія/ за ред. Маркова І.Л. – К.: Вид-во Інтерсервіс, 2017. – 574 с.
3. Дмитрик П.М. Фітопатологія. Конспект лекцій. – Івано-Франківськ, 2015. – 127 с.
4. Євтушенко М.Д. Імунітет рослин / М.Д. Євтушенко, М.П. Лісовий, В.К. Пантелеев, О.М. Слюсаренко. – Київ: Колобіг, 2004. – 303 с.
5. Костіков І.Ю., Джаган В.В, Демченко Е.М. та ін. Ботаніка. Водорості та гриби: Навчальний посібник, 2-ге видання, переробл. – К.: Арістей, 2006. – 476 с.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• МІКОЛОГІЯ (МЕТОДИЧНІ РЕКОМЕНДАЦІЇ З ОРГАНІЗАЦІЇ САМОСТІЙНОЇ РОБОТИ ДЛЯ СТУДЕНТІВ УСІХ ФОРМ НАВЧАННЯ)

Викладачі - професор, д.б.н. С.В. Чеботар,
доцент, к.б.н. В.А. Топтіков

Метою дисципліни «Молекулярні маркери» є розширення у здобувачів третього освітнього рівня уявлень про структурну організацію та використання молекулярних маркерів для визначення генетичного поліморфізму в генотипах еукаріот, для вивчення еволюційних процесів, що відбуваються при формуванні складних геномів еукаріот.

Завдання дисципліни:

1) ознайомити здобувачів з сучасними інструментами і технологіями визначення генетичного поліморфізму;
2) сформувати у здобувачів уявлення про способи маркування генетичного матеріалу, системи маркерів, їх інформативність, переваги та недоліки;
3) сформувати у здобувачів уявлення про принципи застосування різних типів молекулярних маркерів біохімічних і ДНК-маркерів для визначення генетичного поліморфізму;
4) довести до уваги здобувачів важливість і необхідність використання молекулярних маркерів для вирішення фундаментальних та практичних питань біології, селекції, медицини;
5) сформувати у здобувачів уявлення про маркер опосередковану селекцію (marker assisted selection (MAS));
6) ознайомити здобувачів з методами аналізу асоціацій між молекулярними маркерами та фенотиповими ознаками.

У результаті вивчення навчальної дисципліни студенти отримують знання щодо: методів біохімічної генетики і молекулярної біології нового покоління, які застосовуються при вивченні генетичного поліморфізму і структурно-функціональної організації геномів прокаріот та еукаріот; методів ПЛР-аналізу, які використовуються для визначення певних алелів генів в медико-біологічних і генетико-селекційних дослідженнях.

Також студенти вміють: організовувати експерименти з вивчення генетичного поліморфізму; відбирати селективні маркери для добору певних генотипів; добирати адекватні і коректні методи проведення наукового дослідження з використанням молекулярних маркерів; знаходити шляхи застосування маркерного аналізу для медико-біологічних і генетико-селекційних досліджень; володіють підходами щодо ідентифікації генів в геномних послідовностях та визначення їх функцій.

Згідно робочої програми дисципліни «Молекулярні маркери» планується провести 16 годин лекцій і 14 годин семінарських занять, для оцінювання набутих знань проводиться усне опитування на семінарах та тестування, форма підсумкового контролю: залік.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:
Молекулярно-генетичні маркери адаптації до гіпоксії у спортсменів

Викладач - професор, д.б.н. С.В. Чеботар.

Метою вибіркового курсу «Геноміка (теоретичні та практичні аспекти)» є розширення у здобувачів третього совітнього рівня уявлень про організацію й функціонування геномів прокаріот та еукаріот; еволюційні процеси, що відбуваються при формуванні складних геномів еукаріот, наприклад, поліплоїдизації. Важливим є розуміння прогресу, що відбувся у геноміці із використанням New Generation Sequencing технологій, зокрема Illumina GA/HiSeq, з повногеномним секвенуванням, екзомним секвенуванням, та знайомство з методами анотування геномних послідовностей й аналізу міжнародних баз даних геномних послідовностей. Особлива увага приділяється способам вилучення функціональної інформації з наявних геномних послідовностей.

У межах цієї дисципліни майбутні доктори філософії знайомляться з порівняльними дослідженнями анотованих геномів та секвенованих генних послідовностей; сучасними інструментами і технологіями структурного і функціонального аналізу геномів (робота з базами даних NCBI, ЕМВL та ін., використання основних комп'ютерних програм для порівняння геномних послідовностей (пакети ВLАSТ, MAFFT, MUSCLE, T-COFFEE та ін.); методами і можливостями геномної селекції та методами аналізу асоціацій між геномними локусами та фенотиповими ознаками; епігенетичними механізми регуляції реалізації генетичної інформації.

В цілому вивчення цієї дисципліни необхідне для розуміння важливості і необхідності геномних розробок у вирішенні фундаментальних та практичних питань біології, сільського господарства, медицини. А також для розуміння ˗ яким чином генетичне підґрунтя впливає на фенотиповий прояв ознак.

Згідно робочої програми з дисципліни «Геноміка (теоретичні та практичні аспекти)» планується провести 16 годин лекцій і 14 годин семінарських занять.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:
CУЧАСНИЙ СТАН СЕКВЕНУВАННЯ ЯДЕРНОГО ГЕНОМУ ПШЕНИЦІ (TRITICUM AESTIVUM L.)

Викладач - професор, д.б.н. С.В. Чеботар

Метою дисципліни «Сучасні ДНК-технології» є розширення у здобувачів третього освітнього рівня уявлень про сучасні ДНК-технології, які створюють науково-технічну основу для розвитку біотехнології, їх використання в молекулярно-генетичних дослідженнях прокаріот та еукаріот, в прикладних розробках для медицини і селекції.

Завдання дисципліни:

1. ознайомити здобувачів з сучасними ДНК-технологіями визначення генетичного поліморфізму;
2. надати інформацію про генотипування і картування шляхом секвенування, РНК-Seq секвенування;
3. сформувати у здобувачів уявлення про принципи застосування microarray-технології;
4. ознайомити здобувачів з транскриптомними дослідженнями, їх значенням для медицини і селекції;
5. сформувати у здобувачів уявлення про DАrT-технологію скринінгу генетичного матеріалу;
6. сформувати у здобувачів уявлення про маркер опосередковану селекцію (marker assisted selection (MAS));
7. ознайомити здобувачів з технологіями редагування геномів системою СRISPR/Cas9 та TALLEN й з TILLING-технологією.

В рамках курсу здобувачі мають завдання здійснити пошук інформації в міжнародній базі NCBI стосовно даних з секвенування геномів біологічних видів, що досліджуються в дисертаційних роботах, визначитися з даними, що характеризують ці геноми, проаналізувати відомості за спорідненими видами, та застосувати набуту інформацію при написанні дисертації. Якщо у дисертаційній роботі вивчаються протеїни або ознаки біологічних видів, провести пошукову роботу для з’ясування генетичної детермінації цих ознак. Обговорення зібраної інформації та визначених характеристик здійснюється на семінарському занятті.

Згідно робочої програми дисципліни «Сучасні ДНК-технології» планується провести 16 годин лекцій і 14 годин семінарських занять, для оцінювання набутих знань проводяться усні опитування протягом семінарських занять та тестування, форма підсумкового контролю: залік.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

CУЧАСНИЙ СТАН СЕКВЕНУВАННЯ ЯДЕРНОГО ГЕНОМУ ПШЕНИЦІ (TRITICUM AESTIVUM L.)

БІОІНФОРМАТИВНИЙ АНАЛІЗ НУКЛЕОТИДНИХ ПОСЛІДОВНОСТЕЙ АЛЕЛІВ ГЕНІВ КОРОТКОСТЕБЛОВОСТІ ПШЕНИЦІ RHT-B1 ТА RHT-D1

Викладач - професор, д.б.н. С.В. Чеботар

Метою дисципліни «ДНК-типування біологічних об’єктів» є розширення у здобувачів третього освітнього рівня уявлень про методи, як використовуються для генотипування біологічних об’єктів, їх ідентифікації, визначення генетичної спорідненості й автентичності. Такі методи застосовуються в прикладних розробках для паспортизації генотипів сільськогосподарських рослин, захисту авторських прав, в сучасній медицині і судово-медичній експертизі.

Завдання дисципліни:

1. Ознайомити здобувачів з сучасними технологіями генотипування, зокрема генотипуванням шляхом секвенування та з використанням мікрочипів, SNP- і iPBS-генотипуванням;
2. Сформувати у здобувачів уявлення про DАrT технологію скринінгу генетичного матеріалу;
3. Сформувати у здобувачів уявлення про технологію ДНК-фінгерпринтингу, у тому числі із використанням iPBS маркерів;
4. Сформувати у здобувачів уявлення про застосування ДНК-технологій генотипування для захисту авторських прав на сорти рослин;
5. Ознайомити здобувачів з генотипуванням людини у медичних цілях з метою визначення схильності до різних захворювань та для проведення судово-медичних експертиз.
В рамках курсу здобувачі мають лекційні заняття за темами: 1 ˗ Генетичне підґрунтя для генотипування; 2 ˗ Генотипування шляхом секвенування; 3 ˗ SNP–генотипування; 4 ˗ Високопродуктивне генотипування (high-troughput genotyping); 5 ˗ ДНК-фінгерпринтинг; 6 ˗ iPBS: універсальний метод ДНК-фінгерпринтингу та виділення ретротранспозонів; 7 ˗ Використання молекулярно-генетичних маркерів з метою захисту прав інтелектуальної власності на сорти рослин; 8 ˗ Медичне генотипування людини; та семінарські заняття: 1 ˗ Сучасні методи дослідження молекулярно-генетичного поліморфізму, що застосовуються при генотипуванні біологічних об’єктів; 2 ˗ Сучасні методи секвенування для генотипування; 3 ˗ Високоефективне генотипування для геномної селекції; 4 ˗ Прикладні аспекти високоефективного генотипування; 5 ˗ Використання фрагмент аналізу для генотипування; 6 ˗ Генотипування людини у судово-медичній експертизі; 7 ˗ Генотипування людини для медичних цілей.

Таким чином здобувачі набувають найсучасніших знань з технологій ДНК-типування, які широко використовуються при держреєстрації сортів рослин, в селекційній практиці, в практиці захисту прав на сорти рослин, при роботі з генетичними ресурсами рослин та організації роботи в генбанках, в персоніфікованій медицині, в фармакогенетиці і фармакогеноміці. Технології на основі ДНК-типування мають перспективи розвитку щодо застосування в експертизі харчових продуктів, яка проводиться з метою визначення відповідності продукції, при захисті біологічних видів в умовах навколишнього середовища, що змінюються.

Згідно робочої програми дисципліни «ДНК-типування біологічних об’єктів» планується провести 16 годин лекцій і 14 годин семінарських занять, для оцінювання набутих знань проводяться усні опитування протягом семінарських занять та тестування, форма підсумкового контролю: залік.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:
ВИКОРИСТАННЯ ПЛР-АНАЛИЗУ В ГЕНЕТИКО-СЕЛЕКЦІЙНИХ ДОСЛІДЖЕННЯХ

Ускладнення екологічної ситуації в Україні внаслідок забруднення навколишнього природного середовища функціонуючими господарськими об’єктами та комплексами обумовило необхідність розробки та обліку спеціальних природоохоронних розділів при створенні передпроектної, проектно-планової та проектно-кошторисної документації.

Головна мета курсу “кологічная оцінка впливу на довкілля” є набуття у аспірантів здатності до аналізу і оцінки впливу на довкілля сучасних та запланованих техногенних та інших перетворювань.

Всебічний екологічний аналіз та правильна, достовірна експертна оцінка впливу на довкілля проектів споруджуваних господарських об’єктів, комплексів та систем набувають принципово важливого значення, оскільки «людські проекти», що не враховують закони природи, приносять чимало лиха. Важлива роль серед ефективних заходів протидії цьому належить екологічній контроль та всебічний аналіз і оцінка впливу на природні екосистеми результатів запланованої або існуючої господарської діяльності, що чинить чи може чинити негативний вплив на навколишнє природне середовище, який проводять висококваліфіковані спеціалісти-експерти для визначення відповідності поданих матеріалів чинному законодавству і розробки конструктивних пропозицій щодо охорони навколишнього середовища.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Рік навчання: 1-2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладачі: Васильєва Т.В., к.б.н., доцент кафедри ботаніки,
Чеботар С.В., д.б.н., професор кафедри генетики та молекулярної біології,
Білоконь С.В., к.б.н., доцент кафедри генетики та молекулярної біології,
Лобков В.О., д.б.н., професор кафедри гідробіології і загальної екології.
Контактна інформація: Біологічний факультет

Опис дисципліни

Мета і завдання дисципліни – дати сучасні загальнометодологічні знання в галузі публічної презентації науково-дослідної роботи та історії речей і ідей, навчити аспірантів практично застосовувати можливості музейного простору у процесі залучення коштів та інших ресурсів для виконання власного наукового дослідження при розв’язанні комплексних проблем отримання та презентації нових знань та утвердження у суспільстві наукової картини світу.

Результати навчання:

Процес вивчення дисципліни спрямований на формування елементів наступних компетентностей:
а) загальних (ЗК): ЗК 01. Здатність працювати у міжнародному контексті. ЗК 03. Здатність до усної та письмової наукової комунікації державною та іноземною мовою. Здатність презентувати результати власних досліджень ЗК 05. Здатність до абстрактного мислення, аналізу та синтезу.
б) спеціальних (СК): СК 01. Знання історії, основних концепцій, сучасних теоретичних і практичних проблем питань біологічної науки. СК 02. Здатність планувати, організовувати і здійснювати оригінальні наукові дослідження для створення нових знань у біології. СК 03. Здатність застосовувати сучасні інформаційні технології, бази даних та інші електронні ресурси, спеціалізоване програмне забезпечення у науковій та освітній діяльності. СК 06. Здатність обирати оптимальні шляхи і методи вирішення завдань дослідження, інтерпретувати та аналізувати їх результати.
Очікувані результати навчання. У результаті вивчення навчальної дисципліни слухач повинен: застосовувати можливості музейного простору для виконання власного наукового дослідження при розв’язанні комплексних проблем. Розвинути здатність систематизувати, узагальнювати та використовувати наукову інформацію з основних питань біології для розробки стратегії ідентифікації, визначення складу, будови та життєдіяльності живих об’єктів за допомогою сучасних фізико-хімічних методів дослідження. Проявляти здатність до аналізу і планування. Мати базові теоретичні та методологічні знання про принципи організації наукових колекцій біологічних об’єктів.

На вивчення навчальної дисципліни відводиться 90 годин, що становить 3 кредити ЄКТС.

Основна література:

1. Коваленко С. Гербарій Одеського національного університету імені І.І. Мечникова (MSUD) [Текст] / С. Коваленко // Гербарії України = Indexherbariorum Uckrainicum / ред.-уклад. Н. М. Шиян. – К. : Альтерпрес, 2011. – С. 222-233.
2. Коваленко С. Г. Скарби гербарію Одеського національного університету ім. І. І. Мечникова. Травник XVIII сторіччя [Текст] / С. Г. Коваленко, О. Ю. Бондаренко // Вісн. Одес. нац. ун-ту. – 2005. – Т. 10, вип. 5 : Біологія. – С. 191-197.
3. Основи музеєзнавства : навч. посіб. / О.В. Виноградова, В.Г. Дарчук. – Львів : “Магнолія 2006”, 2012. – 185 с.
4. Вайдахер Ф. Загальна музеологія / Переклад з німецької Х. Назаркевич, О. Лянг, В. Лозинського. — Л.: Літопис, 2005.
5. Якубовський В. І. Музеєзнавство: Посібник для студентів вищих навчальних закладів. — Видання друге, доповнене і перероблене. — Кам'янець-Подільський, 2012. — 352 с.
6. Положення про порядок визначення наукових об’єктів, що становлять національне надбання [Текст] : постанова КМУ N 174 від 18.02.1997 // Офіц. вісн. України. – 1997. – No 8. – Ст. 140.
7. Положення про реєстрацію зразків генофонду рослин у національному центрі генетичних ресурсів рослин України – Харків. – 2012.  
8. Fly Base Homepage // FlyBase: a database for drosophila genetics and molecular biology. 
9. Пахомов О.Є., Кульбачко Ю.Л. Виготовлення зоологічних наочних посібників та наукових колекцій: Навч. Посіб. – Д.: Вид-во Дніпропетр. Ун-ту, 2006. – 318 с.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Гербарна колекція Г.Й. Потапенка

Гербарна колекція Е.Е. Ліндеманна

Гербарна колекція Й.К. Пачоського

Гербарна колекція П.С. Шестерікова

• АТЛАС Drosophila melanogaster (КОЛЕКЦІЯ КАФЕДРИ ГЕНЕТИКИ І МОЛЕКУЛЯРНОЇ БІОЛОГІЇ ОНУ ІМЕНІ І. І. МЕЧНИКОВА)

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 1-3
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладач: Д.б.н., доцент Лобков Володимир Олексійович
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра гідробіології та загальної екології, Email: zoomuz2017@gmail.com

Опис дисципліни:

Мета і завдання дисципліни Мета – ознайомитись з кількісними методами екології водних організмів та їх угруповань.

Завдання:

1) Послідовно з’ясувати методологію розрахунку біотичного балансу водних екосистем, як основи їх опису, вивчення та управління.
2) Огляд сучасних методів вивчення основних функціональних показників стану водних організмів, а саме їх продукції, дихання та живлення.
3) Розв’язування чисельних практичних задач, які складають основу практичних занять курсу для денної форми навчання.

Результати навчання. У результаті вивчення навчальної дисципліни здобувач вищої освіти повинен
знати:

-основні уявлення про біотичний та енергетичний баланс екосистеми та засоби його складання та обчислення;
-теоретичні уявлення про ріст і продукцію водних рослин і тварин, методи їх визначення з урахуванням факторів, що на них впливають;
-теоретичні уявлення про дихання гідробіонтів і методи його визначення.

вміти:

-аналізувати та оцінювати витрати, розподіл та використання енергії в екосистемах;
-прогнозувати стан популяцій та їх подальшу еволюційну тенденцію;
-на основі експериментальних та теоретичних даних з’ясовувати філогенетичні відносини популяцій, видів, інших систематичних категорій;
-виміряти та обчислювати продукцію, дихання та раціон водних організмів, складати та -розраховувати біотичний баланс водних екосистем.

Форми та методи контролю. Поточне тестування здійснюється шляхом опитування, тест-контролю знань здобувачів вищої освіти на лабораторних заняттях; оцінювання письмових контрольних робіт з кожного змістового модуля; оцінювання якості виконання та теоретичного осмислення практичних робіт.

Підсумкова атестація здійснюється шляхом врахування всіх отриманих оцінок за поточного тестування, оцінювання контрольних робіт.

Політика оцінювання. Реалізація основних завдань контролю знань здобувачів вищої освіти в ОНУ досягається системними підходами до оцінювання та комплексністю застосування різних видів контролю. Згідно з діючою в університеті системою комплексної діагностики знань здобувачів вищої освіти, з метою стимулювання планомірної та систематичної навчальної роботи, оцінка знань здійснюється за 100-баловою системою, яка переводиться відповідно у національну шкалу («відмінно», «добре», «задовільно», «незадовільно») та шкалу європейської кредитно-трансферної системи (ЄКТС –А, В, С, D, E, FX, F).

Основна література.
1. Александров Б.Г. Гидробиологические основы управления состоянием прибрежных экосистем Черного моря. – Киев : Наукова думка, 2008. – 343 с.
2. Альтернативна енергетика : [навч. посібник для студ. вищ. навч. закл.] / М.Д. Мельничук, В.О. Дубровін, В.Г. Мироненко, І.П. Григорюк, В.М. Поліщук, Г.А. Голуб, В.С. Таргоня, С.В. Драгнєв, І.В. Свистунова, С.М. Кухарець. – К. : «Аграр Медіа Груп», 2012. – 244 с.
3. Мусатов А.П. Оценка параметров экосистем внутренних водоемов. – Москва : Научный мир, 2001. – 191 с.
4. Алимов А.Ф. Введение в продукционную гидробиологию. – Ленинград : Гидрометеоиздат, 1989. – 152 с.
5. Одум Ю. Экология. – Т. 1. – М.: Мир, 1986. – 328 с.; Т. 2. – М. : Мир, 1986. – 376 с.
6. Основи екології: довідник для студентів класичних університетів / В. В. Заморов, Б. Г. Александров, І. Л. Рижко [та ін.]; Одес. нац. ун-т ім. І. І. Мечникова. – Одеса: ОНУ, 2012. – 115 с.
7. Парсонс Т.Р., Такахаши М., Харгрейв Б. Биологическая океанография. – М. : Легкая и пищевая промышленность, 1982. – 432 с.
8. Сытник К.М., Брайон А.В., Гордецкий А.В., Брайон А.П. Словарь-справочник по экологии. – Киев : Наук. Думка, 1994. – 666 с.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• ОСНОВИ ЕКОЛОГІЇ (ДОВІДНИК ДЛЯ СТУДЕНТІВ КЛАСИЧНИХ УНІВЕРСИТЕТІВ)
• ГИДРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ УПРАВЛЕНИЯ СОСТОЯНИЕМ ПРИБРЕЖНЫХ ЭКОСИСТЕМ ЧЕРНОГО МОРЯ (МОНОГРАФИЯ)

Мета дисципліни "Нові підходи до вивчення метаболізму біологічно активних речовин в організмі" полягає у формуванні спеціальних фахових компетентностей, спрямованих на засвоєння сучасних уявлень про будову, функції та метаболізм біологічно активних речовин у організмі людини та тварин як регуляторів метаболічних процесів у нормі та патології.

Завдання:

1. Вивчити загальні питання про будову, функції та метаболізм біологічно активних речовин у організмі людини та тварин.
2. Вивчити особливості регуляції дії біологічно активних речовин в організмі та окремо метаболічних процесів вітамінами у нормі та патології з метою використання у медицині, сільському господарстві тощо.

У результаті вивчення навчальної дисципліни аспірант повинен:

-володіти знаннями щодо розвитку нових актуальних напрямів досліджень і сучасних досягнень в галузі біології та застосування їх для вирішення наукових завдань і самостійної пошукової роботи в межах обраної спеціальності;
- вміти аналізувати основні закономірності дії біологічно активних сполук на обмін речовин. Користуватися знаннями механізмів дії біологічно активних речовин зокрема вітамінів та їх похідних у вирішенні медичних, харчових та ін. проблем.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 1/2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладач: Кандидат біологічних наук, доцент Галкін Микола Борисович
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології . E- mail: kgalkin@onu.edu.ua

Опис дисцпліни:

Метою викладання даного курсу є надання знань з основних принципів міжклітинної комунікації у мікроорганізмів і процесу формування ними біоплівок.

Основне завдання полягає в тому, щоб сформувати у здобувачів уявлення про молекулярні механізми міжклітинної комунікації у мікроорганізмів; особливості структурно-функціональної організації біоплівок та закономірності процесу їх утворення; теоретичні та прикладні аспекти процесу утворення біоплівок.

Результати навчання:

- знати загальні закономірності сучасної науки; труднощі і парадокси науки; соціально-культурні та екологічні наслідки техніки і технологій, форми наукових дискусій; принципи методології системного підходу в науці, основні поняття синергетики;
- знати основні молекулярні механізми міжклітинної комунікації у мікроорганізмів;
- знати основні форми надорганізмових структур мікроорганізмів;
- знати основні сигнальні процеси, задіяні у процесах міжклітинної комунікації у мікроорганізмів;
- аналізувати особливості молекулярних механізмів міжклітинної комунікації у різних видів мікроорганізмів.

Форми та методи контролю: Модульний контроль з кожного змістовного модуля здійснюється за допомогою письмової контрольної роботи.

Політика оцінювання: Підсумкове оцінювання – результат сумарного контролю (середньозважена з оцінок за кожний змістовний модуль). Рівень знань здобувача оцінюється за 100–бальною шкалою. Форма підсумкового контролю з дисципліни – залік.

Основна література:

1. Microbial Biofilms. Methods and Protocols / Donelli G. (Ed.). – New York: Springer publishing, 2014. – 377 p.
2. Microbial Biofilms: Omics Biology, Antimicrobials and Clinical Implications / Seneviratne C. (Ed.). – London: CRC Press, 2017. – 274 p.
3. Microbial Biofilms:Importance and Applications / Dhanasekaran D., Thajuddin N. (eds). – London: IntechOpen, 2016. – 524 p.
4. Biofilms: Extracellular Bastions of Bacteria / Decho A.W. (Ed). –Basel: IJMS, 2014. – 288 p.
5. Naz I., Hodgson D., Smith A., Marchesi J., Sehar S., Ahmed S., Lynch J., Avignone?Rossa C., Saroj D.P. Investigation of the active biofilm communities on polypropylene filter media in a fixed biofilm reactor for wastewater treatment // J. Chem. Technol. Biotechnol. – 2018. – Vol. 93. – Р. 3264-3275. doi:10.1002/jctb.5686
6. Stoica P., Chifiriuc M.C., Rapa M., Lazar V. Overview of biofilm-related problems in medical devices // Biofilms and Implantable Medical Devices Journal. – 2017. – Vol. 12. – P. 3-23. https://doi.org/10.1016/B978-0-08-100382-4.00001-0.
7. Lu L., Hu W., Tian Z. Developing natural products as potential anti-biofilm agents // Chin Med. – 2019. – Vol. 14, 11 https://doi.org/10.1186/s13020-019-0232-2
8. Velmourougane K., Prasanna R., Saxena A.K. Agriculturally important microbial biofilms: Present status and future prospects // J Basic Microbiol. – 2017. – Vol. 9999. – P. 1 – 10. https://doi.org/10.1002/jobm.201700046
9. Truu M., Oopkaup K., Krustok I., Koiv-Vainik M., Nolvak H., Truu J. Bacterial community activity and dynamics in the biofilm of an experimental hybrid wetland system treating greywater // Environmental Science and Pollution Research. – 2018. – 10.1007/s11356-018-3940-8

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• МОЛЕКУЛЯРНІ МЕХАНІЗМИ ІНФОРМАЦІЙНОЇ КОМУНІКАЦІЇ МІКРООРГАНІЗМІВ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 2
Кількість кредитів: 1
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття
Викладач: канд. біол. наук., доцент Васильєва Наталія Юріївна
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології, Email:tatkamic@onu.edu.ua

Опис дисципліни:

Мета і завдання дисципліни.
Метою дисципліни є ознайомлення здобувачів з теоретичними та практичними засадами отримання, підготовки та аналізу геномних даних та набуття ними навичок використання сучасних біонформаційних методів аналізу геномної інформації.

Завдання:

1. Ознайомити зі способами отримання геномної інформації, наведеноїу цифровому вигляді, та методами роботи з нею;
2. Навчити самостійно обробляти геномні дані; планувати та проводити дослідження в галузі обчислювальної геноміки;
3. Розглянути в повному обсязі всю послідовність роботи з продуктами секвенування від первинної обробки даних до порівняльного аналізу зібраних геномів.
4. Розглянути алгоритми та методи збірки геному.
5. Розглянути можливості практичного використання серверу Galaxy для обробкигеномних даних.

Результатинавчання:

Отримані студентами знання про основигеномногоаналізу та набуті ними навичкипроведенняобробки та аналізуданих геномного секвенування та інтерпретаціїйогорезультатів.

Форми та методи контролю:

Поточний контроль здійснюється у виглядіопитування на лекціях тасемінарськихзаняттях. Модульний контроль проводиться за допомогоютестів та відповідей на відкритізапитання.

Політика оцінювання:

Підсумкова оцінка є сумою оцінок поточного та модульного контролю.

Основналітература:

1. Chaitanya K. V. Genome and Genomics From Archaea to Eukaryotes. Springer Nature Singapore Pte Ltd. 2019.
2. Kalkatawi M, Alam I, Bajic VB. BEACON: automated tool for Bacterial Genome Annotation Comparison. BMC Genomics. 2015; 16(1):1–8.
3. Longmead B., Salzberg S. L. Fast gapped-read alignment with Bowtie2. – 2012.
4. Medema M. H., Blin К.,CimermancicР., de Jager V., ZakrzewskiР., Fischbach M. A., Weber T., Breitling R., Takano Е. antiSMASH: Rapid identification, annotation and analysis of secondary metabolite biosynthesis gene clusters. NucleicAcidsResearch (2011) doi: 10.1093/nar/gkr466
5. Navarro-Muñoz J. C., Selem-Mojica N., Mullowney M. W., Kautsar S. A., Tryon J. H., Parkinson E. I. et al. A computational framework to explore large-scale biosynthetic diversity. Nat Chem Biol. 2020; 16(1): 60-68
6. Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation Bioinformatics 2014 Jul 15;30(14):2068-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btu153.
7. Skinnider M. A., Dejong C. A., Rees P. N., Johnston C. W., Li H., Webster A. L. H., Wyatt M. A., Magarvey N. A. Genomes to natural products PRediction Informatics for Secondary Metabolomes (PRISM) Nucleic Acids Research, Volume 43, Issue 20, 16 November 2015, Pages 9645–9662, https://doi.org/10.1093/nar/gkv1012
8. Trapnell C., Pachter L., Salzberg S. L. TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq //Bioinformatics. – 2009. – Т. 25. – №. 9. – С. 1105-1111.
9. Wattam A. R., Brettin T., Davis J. J., Gerdes S., Kenyon R., Machi D. et al. Assembly, Annotation, and Comparative Genomics in PATRIC, the All Bacterial Bioinformatics Resource Center. ComparativeGenomics. MethodsMolBiol. 2018; 1704: 79-101.
10. Yoon, S. H., Ha, S. M., Lim, J. M., Kwon, S.J. & Chun, J. (2017). A large-scale evaluation of algorithms to calculate average nucleotide identity. AntonievanLeeuwenhoek. 110:1281–1286
11. van Heel A. J., de Jong A., Song C., Viel J. H., Kok J., Kuipers O. P. BAGEL4: a user-friendly web server to thoroughly mine RiPPs and bacteriocins. Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W278-W281. doi: 10.1093/nar/gky383.

Електронні джерела:

1. Програма FastQC–https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
2. https://dnacore.missouri.edu/PDF/FastQC_Manual.pdf
3. llumina SequencingTechnologyhttp://www.illumina.com/documents/products/techspotlights/techspotlight_sequencing.pdf
4. FASTQ format specification –URL: http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
5. TerraGenome (Франция)Метагеномныйпроект направленный на сбор и анализ метагеномных данных по почвенной метагеномике - http://www.terragenome.org/

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Програма курсу була розроблена у 2020 році. За основу при розробці курсу були взяті матеріали с он-лайн ресурсів:
Graph Algorithms in Genome Sequencing 
Introduction to Bioconductor: Annotation and Analysis of Genomes and Genomic Assays
Genomic Data Science Specialization 
Whole genome sequencing of bacterial genomes - tools and applications

• БІОІНФОРМАТИКА. РОБОТА З BLAST (МЕТОДИЧНІ ВКАЗІВКИ ДО ПРАКТИЧНИХ РОБОТИ З ДИСЦИПЛІНИ БІОІНФОРМАТИКА)

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладач: канд. біол. наук., доцент Васильєва Н.Ю.

Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології, Email: tatkamic@onu.edu.ua
Опис дисципліни:

Мета і завдання дисципліни:

Метою курсу є освоєння статистичної методології збору та обробки даних для практичного застосування методів статистики в біологічних та біомедичнихдослідженнях; побудова статистичних моделей; формування біологічно обґрунтованих висновків і наочного представлення результатів аналізу.

Одним з найбільш важливих завдань курсу є поглиблене вивчення можливості візуалізація і аналізу даних на мові R. В рамках курсувирішують завдання класифікації (лінійний дискриминант Фішера, логістична регресія, метод k-найближчих сусідів, метод опорних векторів, дерева рішень),кластеризації (метод DBSCAN, k-середніх, ієрархічна кластеризація), зниження розмірності простору (метод головних компонент) , визначенню значимих ознак та інше.
Крім того, розглянута можливість вибору альтернативних пакетів для вирішення прикладних завдань біології з елементами візуалізації, на підставі програми R 3.6.0 і мови R.

Зарезультатами навчання слухач повинен знати: методи статистики і особливості їх коректного застосування; імовірнісний характер явищ природи, властивості та особливості статистичного розподілу даних; способи аналізу біологічних та біомедичних даних із застосуванням методів математичної статистики; сучасні інформаційні засоби та технології, що використовуються при статистичному аналізі біологічних даних. Вміти самостійно планувати хід робіт і виконувати методи математичного аналізу; використовувати універсальні пакети прикладних комп'ютерних програм, працювати зі спеціалізованими статистичними пакетами програм; збирати і готувати дані для їх статистичної обробки; грамотно застосовувати параметричні і непараметричні методи для обробки експериментальних даних; інтерпретувати отримані результати відповідно до цілей дослідження.

Форми та методи контролю.Поточне оцінювання слухачів здійснюється під час опитування на заняттях. Модульний контроль з кожного змістового модуля здійснюється за допомогою виконання завдання на комп’ютері з використанням необхідних програм, що дозволяє проконтролювати рівень засвоєння матеріалу здобувачем.

Комп’ютерне тестування– результат сумарного контролю з теоретичних знань. Підсумкова робота, яка включає знання здобувачами необхідних програм та їх самостійний аналіз для вибору методу статистичного аналізу та застосування необхідних пакетів.

Політика оцінювання:

Підсумкова оцінка є сумою оцінок поточного та модульного контролю.

Основна література:

1. Боровков А.А. Математическая статистика. Оценкапараметров. Проверкагипотез. М.: Наука, 1984 – 472 с.
2. Венэбльз У.Н., Смит Д. М. Введение в R Пер. с англ. — Москва, 2013. — 109с. – (сериятехническойдокументации)
3. Гланц С. Медико-биологическая статистика. Пер. с англ. — М., Практика, 1998. — 459 с.
4. Гублер Е. В. Применениенепараметрическихкритериев статистики в медико-биологическихисследованиях / Е. В. Гублер, А. А. Генкин - Л.: Медицина,1973. - 144 с.
5. Гусаров В.М. Статистика: учеб. пособие для вузов / В.М.Гусаров. - М.: Юнити-Дана, 2002.– 465 с.
6. ДжинжерСаймон. Анализданных в Excel: наглядный курс созданияотчетов, диаграмм и сводныхтаблиц.– М: «Вильямс», 2014.– 535 с.
7. Ефимова М.Р. Практикум по общейтеории статистики: учеб. пособие / М.Р. Ефимова, О.И. Ганченко, Е.В. Петрова. - 3-е изд., перераб. и доп. — М: Финансы и статистика, 2011.– 369 с.
8.9. Кендалл М.Дж., Стьюарт А. Многомерныйстатистическийанализ и временныеряды: Пер. с англ . — М.:Наука. Гл. ред. физ.–мат. лит., 1976. — 736 с.
10. Лакин Г.Ф. БиометрияУчебноепособие для биол. спец. вузов, 4-е изд., перераб. и доп./ Г.Ф. Лакин. - М.: Высшая школа, 1990.- 352 с.
11. Новиков Д. А., Новочадов В. В. Статистическиеметоды в медико-биологическомэксперименте (типовыеслучаи). Волгоград: ИздательствоВолГМУ, 2005. – 84 с.
12. Сиделев С. И. Математическиеметоды в биологии и экологии: введение в элементарнуюбиометрию: учебноепособие / С. И. Сиделев; Яросл. гос. ун-т им. П. Г. Демидова. –Ярославль : ЯрГУ, 2012. – 140 с.
13. Тихонов С. В. Практическиезанятия по математическим методам в биологии и экологии / С. В. Тихонов. – Ярославль : ЯрГУ, 2003. – 102 с.
14. Трофимова, Е. А. Математическиеметодыанализа / Е. А. Трофимова, С. В. Плотников, Д. В. Гилёв ; [подобщ. ред. Е. А. Трофимовой] ; М-во образования и науки Рос. Федерации, Урал. федер. ун-т. — Екатеринбург : Издво Урал. ун-та, 2015. – 272 с.
15. Урбах В. Ю. Статистическийанализ в биологических и медицинскихисследованиях / В. Ю. Урбах. – М. : Медицина, 1975ю – 279 с.
16. Факторный, дискриминантный и кластерныйанализ: Пер. с англ., /Джон Ким, Ч.У.Мьюллер и др. — М.: Финансы и статистика, 1989. — 215 с.

Додаткова:

1. Зорин А.В., Федоткин М.А. Введение в прикладнойстатистическийанализ в пакете R (Учебно-методическоепособие)/ А.В. Зорин, М.А. Федоткин – ННГУ, 2010. – 50 c.
2. Ивченко Г. И., Медведев Ю. И. Математическая статистика: Учебник. — М.: Книжныйдом «ЛИБРОКОМ», 2014. — 352 с.
3. Кабаков Р. И. R в действии. Анализ и визуализацияданных в программе R / пер. с англ. Полины А. Волковой. – М.: ДМК Пресс, 2014. – 588 с.
4. Зарядов И. С. Введение в статистический пакет R: типыпеременных, структурыданных, чтение и записьинформации, графика/ И. С Зарядов – М. : ИздательствоРоссийскогоуниверситетадружбынародов, 2010. – 207 c.
5. Lam L. Anintroductionto R. – Springer, 2010. – 212 p.
6. Paradis E. R forBeginners. – Springer, 2005. – 76 p.
7. Wickham H., Grolemund G. R forDataScience. – O’ReillyMedia, 2016. – 522 p.
8. Интенсивный курс программирования в Excel за выходные. : Пер. с англ. — і доп. - К.: МОРІОН, 2001. - 408 с.
9. Лапач С.М., Чубенко А.В., Бабіч П.М. Статистичні методи в медико-біологічних дослідженнях із застосуванням Ехсеї. — 2-е вид., персроб. - К. : Морион, 2000. - 320 c.
10. Берк К., Кэйри П. Анализданных с помощью Microsoft Excel. : Пер. с англ. — М. : Издательскийдом "Вильяме", 2005. — 560 с.
11. Леончик Е. Ю. Кластерныйанализ: терминология, методы, задачи. – ОНУ, методическоепособие – 2011.
12. Лялин B.C. Статистика: теория и практика в Excel: учеб. пособие / B.C. Лялин, И.Г. Зверева, Н.Г. Никифорова. — М.: Финансы и статистика; ИНФРА-М, 2010. - 448 с.
13. Ризниченко Г. Ю. Математическимодел в биофизик и экологии. — Москва Ижевск: Институкомпьютерныисследований, 2003. –184 стр.
14. Рыков В.В., Иткин В.Ю. Математическая статистика и планированиеэксперимента. – М: РГУ нефти и газаим. И.М.Губкина, 2009. – 303 с.
15. Статистика: теория и практика в Excel: учеб. пособие / B.C. Лялин, И.Г. Зверева, Н.Г. Никифорова. — М.: Финансы и статистика; ИНФРА-М, 2010. - 448 с.
16. Тюрин Ю.Н, Макаров А.А. Анализданных на компьютере. М.: Инфра-М, 2003 – 544 с.

Електронні інформаційні ресурси:

Офіційний сайт R https://cran.r-project.org/
Он-лайн тренінг з R http://rextester.com/l/r_online_compiler
Он-лайн тренінг з R https://www.jdoodle.com/execute-r-online
Он-лайн тренінг з R https://www.rstudio.com/online-learning/
Ресурс для розрахунку χ2 - критерію Пірсона - http://www.psychol-ok.ru/statistics/pearson/;
Електронний підручник з розділом прикладної статистики - http://www.machinelearning.ru/wiki/index.php
Електронний підручник з математичній статистиці - https://ru.wikibooks.org/wiki
Електронний ресурс з математичній статистиці - http://matstats.ru/index.html
Електронний ресурс по критеріям згоди - http://cito-web.yspu.org/link1/metod/met125/node23.html
Безкоштовна програма по статистичній обробці даних STADIA http://protein.bio.msu.ru/~akula/Podr2~1.htm
Перелік англомовних ресурсів безкоштовних програм для статистичної обробки даних - http://secondarydata.com/software/index.asp
Електронний ресурс «Біологія математична» Г.Ю.Ризниченко
-http://www.library.biophys.msu.ru/mathmod/bm.html та http://www.library.biophys.msu.ru/LectMB/

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Програма курсу була розроблена у 2020 році. За основу при розробці курсу були взяті матеріали с он-лайн ресурсів:
Основы статистики.
Основы статистики. Часть 2
Основы статистики. Часть 3
Математическая статистика

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття
Викладач: канд. біол. наук., доцент Васильєва Наталія Юріївна
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології, Email:tatkamic@onu.edu.ua

Опис дисципліни:

Мета і завдання дисципліни.
Основною метою курсу є навчити слухачів вибирати оптимальні моделі молекулярної еволюції для різних типів послідовностей і самостійно отримувати філогенетичні реконструкції для встановлення родинних відносин, використовуючи найсучасніші програми філогенетичного аналізу. Даний курс призначений для студентів, які вже прослухали курс "Біоінформатика" і мають уявлення про основні алгоритми, які використовують в даній галузі біології. Також бажано (але не життєве необхідно) для слухачів мати навички роботи з R і/або Python і bash.

До завдань курсу належить формування у слухачів уявлення про основні поняття та методології молекулярної філогенетики, розвиток вмінь працювати з базами генетичних даних і проводити філогенетичний аналіз даних з використанням спеціалізованих програм. В рамках курсу будить висвітлені поняття гомології в молекулярної біології, філогенез і філогенія, кладограма і філограма, кореневі і без кореневі дерева, вкорінені дерева, нуклеотидні і амінокислотні заміни як ознаки, "сирі" і скориговані генетичні дистанції, матрично-дистанційні і дискретні методифілогенетичного аналізу, методи Байесата інше.

Зарезультатами навчання слухач повинен знати: основні поняття молекулярної філогенетики; методи молекулярно-біологічної філогенії; розбиратися в еволюційних моделях; знати види і методи розрахунку генетичних дистанцій; концепцію молекулярного годинника; види, топологію і методи побудови філогенетичних дерев; особливості застосування філогенетичного аналізу для вирішення різних завдань; володіти комп'ютерними програмами для проведення філогенетичної реконструкції.

Форми та методи контролю.Поточне оцінювання слухачів здійснюється під час опитування на заняттях. Модульний контроль з кожного змістового модуля здійснюється за допомогою виконання завдання на комп’ютері з використанням необхідних програм, що дозволяє проконтролювати рівень засвоєння матеріалу здобувачем.
Комп’ютерне тестування– результат сумарного контролю з теоретичних знань. Підсумкова робота, яка включає знання здобувачами необхідних програм для вирішення завдань молекулярно-біологічної філогенії.

Політика оцінювання:

Підсумковаоцінка є сумою оцінок поточного та модульного контролю.

Основна література:

1. Лукашев В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ: учебное пособие / В.В. Лукашов; ред. Л.А. Аксеонова.– М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. – 257 с.
2. Ней М., Кумар С. Молекулярная эволюция и филогенетика Киев: КВЩ, 2004. — 418 с.
3. Сингер М. Гены и геномы. Том 1 / М. Сингер, П. Берг.– М.: Мир, 1998. — 373 с.
4. Ратнер В.А. Краткий очерк теории молекулярной эволюции. / В.А. Ратнер–Новосибирск: НГУ, 1992. — 269 с.
5. Браун Т. Геномы: учебное пособие / Т.А. Браун. – Москва; Ижевск: "Институт компьютерных исследований", 2011. – 944 с.
6. Mount D.W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. / D.W. Mount –Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. – 692 р.

Додатковалітература:

1. Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004. – 267 p.
2. Bourne Ph. E. Structural Bioinformatics./Ph. E. Bourne, H.Weissig– Wiley-Liss, 2003. – 650 p.
3. Baxevanis A.D. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Second Edition. / A.D. Baxevanis, B. F. Francis. –Wiley-Interscience, 2001. – 650 p.
4. Page R. D. M. Molecular evolution: a phylogenetic approach / R. D. M. Page, E. C. Holmes . – Oxword: Blackwell Science, 2003. – 325 p.
5. DeSalle R. Techniques in Molecular Systematics and Evolution/ R. DeSalle, G. Gonzalo, Wh. Ward . - Birkhäuser, 2000. – 416 p.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• Програма курсу була розроблена у 2020 році. За основу при розробці курсу були взяті матеріали с он-лайн ресурсу:
  DNA Sequences: Alignments and Analysis
• ПАКЕТИ «FASTCLUSTER» І «CLUSTER». ІЄРАРХІЧНИЙ КЛАСТЕРНИЙ АНАЛІЗ

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, семінарські заняття

Викладачі: Мерліч Андрій Геннадійович, доктор філософії, старший викладач, Іваниця Володимир Олексійович, доктор біологічних наук, професор.

Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології, Email: andriymerlich@gmail.com

Опис дисципліни.

Мета і завдання дисципліни:

Метою дисципліни є ознайомлення здобувачів з основними принципами та особливостями метаболомного аналізу, методами для його проведення, значенням метаболомного аналізу для біотехнології та біомедицини та набуття ними умінь проведення метаболомного аналізу, інтерпретації та обробки його результатів.

Завдання:

1. Надати студентам знання щодо принципів, особливостей метаболомного аналізу та основних методів, що використовуються для його проведення;
2. детально розглянути хромато-мас спектрометрію як основний метод метаболоміки;
3. охарактеризувати процеси підготовки проб для проведення метаболомного дослідження;
4. надати знання щодо можливостей, які надає метаболомний аналіз для проведення різноманітних біотехнологічних та біомедичних досліджень;
5. висвітлити перспективи результатів метаболомного аналізу для медицини та сільського господарства;
6. розглянути протоколи експериментів та їх результати по пошуку нових антимікробних сполук та інших біологічно-активних речовин за допомогою метаболомного аналізу, по застосуванню метаболомного аналізу при вивченні метаболізму та біохімічних процесів в клітинах живих організмах, а також по використанню метаболомного аналізу для вивчення біологічного різноманіття та ідентифікації видів.

Результати навчання:

Отримані студентами знання про основи метаболомного аналізу та набуті ними уміння стосовно проведення метаболомного аналізу, обробки та інтерпретації його результатів.

Форми та методи контролю:

Поточний контроль здійснюється у вигляді опитування на лекціях та семінарських заняттях. Модульний контроль проводиться за допомогою тестів та відповідей на відкриті запитання.

Політика оцінювання:

Підсумкова оцінка є сумою оцінок поточного та модульного контролю.
Основна література:

1. Ершов Ю.А. Основы молекулярной диагностики. Метаболомика. Учебник. – Москва: ГЭОТАР-Медиа, 2016. – 336.
2. Bourdon A.K., Spano G.M., Marshall W., Bellesi M., Tononi G., Serra P.A., Baghdoyan H.A., Lydic R., Campagna SH.R., Cirelli Ch. Metabolomic analysis of mouse prefrontal cortex reveals upregulated analytes during wakefulness compared to sleep // Scientific reports. – 2018. – V. 8. – P. 1-17. Doi: 10.1038/s41598-018-29511-6.
3. Clish C.B. Metabolomics: an emerging but powerful tool for precision medicine // Cold Spring Harbor Molecular Case Studies. – 2015. – V.1. – P. 1 – 6. doi: 10.1101/mcs.a000588.
4. Kwon H.J., Ohmiya Y. Metabolomic analysis of differential changes in metabolites during ATP oscillations in chondrogenesis // BioMed Research International. – 2013. – P. 1-8. Doi: http://dx.doi.org/10.1155/2013/213972.
5. Roessner U., Bowne J. What is metabolomics all about? // BioTechniques. – 2009. – V.46. – P. 363-365. Doi: 10.2144/000113133.
6. Sussulini A. Metabolomics: from fundamentals to clinical applications . - New York: Springer International Publishing, 2017. - 350 p. doi: 10.1007/978-3-319-47656-8.
7. Villas-Bôas S.G., Roessner U., Hansen M.A.E., Smedsgaard J., Nielsen J. Metabolome analysis. An introduction. - Hoboken: Wiley, 2007. – 311 p.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• CHARACTERIZATION OF THE BACTERIOCIN PRODUCED BY ENTEROCOCCUS ITALICUS ONU547 ISOLATED FROM THAI FERMENTED CABBAGE.

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 1/2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладач: Доктор біологічних наук, професор Галкін Борис Миколайович
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології . E- mail: bgalkin@ onu.edu.ua

Опис дисципліни:

Метою викладання даного курсу є надання знань з питань адаптивних реакцій мікроорганізмів до стрес факторів, одним із таких є біодеградація ксенобіотиків та основних ензимів, які метаболізують чужорідні хімічні сполуки.

Основне завдання полягає в тому, щоб дати здобувачам уявлення про основні стрес фактори навколишнього середовища та показати, які у мікроорганізмів існують адаптивні реакції, одним із яких є біодеградація ксенобіотиків, структуру і функції ферментів, які беруть участь деструкції чужорідних сполук, а також показати роль мікроорганізмів в очищенні навколишнього середовища від ксенобіотиків.

Результати навчання:

- знати загальні закономірності сучасної науки; труднощі і парадокси науки; соціально-культурні та екологічні наслідки техніки і технологій, форми наукових дискусій; принципи методології системного підходу в науці, основні поняття синергетики;
- знати основні стрес фактори навколишнього середовища ;
- знати основні адаптивні механізми мікроорганізмів;
- знати основні ферментативні реакції біодеградації ксенобіотиків ;
- аналізувати особливості мікробної трансформації ксенобіотиків від трансформації іншими організмами;
- проводити порівняльний аналіз біодеградації різних класів ксенобіотиків бактеріями та грибами для біотехнології їх утилізації .
Форми та методи контролю: Модульний контроль з кожного змістового модуля здійснюється за допомогою письмової контрольної роботи.

Політика оцінювання: Підсумкове оцінювання – результат сумарного контролю (середньозважена з оцінок за кожний змістовний модуль). Рівень знань здобувача оцінюється за 100–бальною шкалою. Форма підсумкового контролю з дисципліни – залік.

Основна література:

1. Porter, S. S., Bantay, R., Friel, C. A. et all Beneficial microbes ameliorate abiotic and biotic sources of stress on plants.// Functional Ecology 2019.- 15p.
2. Cao M., Goodrich-Blair H. Ready or Not: Microbial Adaptive Responses in Dynamic Symbiosis Environments// American Soc. Microbiol. 2017.- V.199.-iss.15.- P. 1-28.
3. Stock J.B., Ninfa A.J., Stock A.N. Protein phosporylation and regulation of adaptive responses in bacteria//Microb. Rev. 1989.- V. 53.- № 4.- P. 450-490.
4. Brunke, S., Hube, B. Adaptive prediction as a strategy in microbial infections// PLoS Pathogens, 2014.- V. 10.- iss.10.- e1004356.
5. Механізми біодеградації ксенобіотиків мікроорганізмами./ Галкін Б. М., Іваниця В. О., Філіпова Т. О. - Одеса: ОНУ, 2017. – 148 с.
6. Microbial Biodegradation of Xenobiotic Compounds / Young-Cheol Chang - CRC Press: London, New York, 2019. - 249 p.
7. Advances in Biodegradation and Bioremediation of Industrial Waste / Verma, J. P., & Jaiswal, D. K. – CRC Press: London, New York, 2016. – 479 p.
8. Jamaluddin M.A. A Review on microbial degradation of organophosphorous pesticide: Methylparathion / M.A. Jamaluddin, A.K. Pandey // Austin J. Biotech. Bioeng. – 2017. – Vol. 4, Iss. 1. – P.1074-1078.
9. Lewis-Ballester A. Molecular basis for catalysis and substrate-mediated cellular stabilization of human tryptophan 2,3-dioxygenase / [A. Lewis-Ballester et al.] // Sci Rep. – 2016. – Vol. 20, No. 6. – P. 1-13.
10. Musat F. The anaerobic degradation of gaseous, nonmethanealkanes – from in situ processes to microorganisms / F. Musat // Comput. Struct. Biotechnol. – 2015. – Vol. 13, Iss.1. – P. 222-228.
11. Saez J.M. An overview on microbial degradation of lindane / [J.M. Saez et al.] // In book: Microbe-Induced Degradation of Pesticides, 2017. - Ch. 9. – P. 191-212.
12. Wilkes H. Metabolism of hydrocarbons in n-alkane-utilizing anaerobicbacteria / [H. Wilkes et al.] // J. Mol. Microbiol. Biotechnol. – 2016. – Vol. 26. – P. 138–151.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

• АДАПТИВНІ РЕАКЦІЇ МІКРООРГАНІЗМІВ ДО СТРЕС ФАКТОРІВ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)