ГОЛОВНА

СПЕЦІАЛЬНІСТЬ 091 "БІОЛОГІЯ"
ТРЕТІЙ РІВЕНЬ ВИЩОЇ ОСВІТИ - ДОКТОР ФІЛОСОФІЇ

ПЕРЕЛІК ДИСЦИПЛІН

ВИБІРКОВІ ОСВІТНІ КОМПОНЕНТИ | ОБОВ'ЯЗКОВІ ОСВІТНІ КОМПОНЕНТИ

БЛОК ДИСЦИПЛІН І. ЗДОБУВАЧ ОБИРАЄ 1 ДИСЦИПЛІНУ З БЛОКУ І.
КОЖНА ДИСЦИПЛІНА СКЛАДАЄ 90 ГОДИН/3 КРЕДИТИ ЄКТС.

Викладачі:
проф. Цокур О.С.
доц. Вейланде Л.В.-В.

Тип вибіркова
Рік підготовки 2

Загальна кількість кредитів ECTS / годин: 3 / 90
Форма контролю залік

Предметом вивчення дисципліни «Педагогіка вищої школи» є система вищої освіти в Україні та світі, педагогічні процеси, які відбуваються в ній.

Метою дисципліни є теоретична підготовка здобувачів ступеня доктора філософії до здійснення дидактичної, науково-методичної, організаційно-педагогічної та інноваційно-педагогічної діяльності у вищій школі.

Завдання дисципліни:

- розкрити сутність основних теоретичних концепцій і методологічних підходів, категорій і понять, закономірностей та принципів навчання і виховання студентів закладу вищої освіти;
- забезпечити практичне оволодіння здобувачами ступеня доктора філософії традиційних й інноваційних методів, форм та технологій навчання й виховання студентів;
- розкрити теоретичні підходи й забезпечити опанування здобувачами ступеня доктора філософії провідних стратегій діяльності сучасного викладача й куратора (т’ютора, коуча) студентської академічної групи по формуванню соціально й професійно важливих якостей особистості;
- ознайомити з основами педагогічного менеджменту й моніторингу у закладах вищої освіти;
- долучити здобувачів до усвідомлення значущості педагогічних інновацій для подальшої модернізації вітчизняної вищої школи.

Очікувані результати навчання. Здобувач ступеня доктора філософії повинен:

знати і розуміти сутність:

-актуальних проблем розвитку вищої освіти в Україні та світі, шляхів і способів оновлення змісту виховання і навчання студентів в умовах модернізації вищої освіти в контексті євроінтеграції, інтерналізації міграції, інформатизації та глобалізації суспільства;
-державних нормативних документів про вищу освіту, тенденцій її розвитку, стратегічних завдань та пріоритетних напрямів модернізації та реформування національної системи вищої освіти;
-загальних основ і специфіки педагогіки вищої школи;
-методів та методики проведення наукових педагогічних досліджень в галузі дидактики вищої школи й теорії виховання студентів;
-теорії навчання студентів, структури освітнього процесу у вищій школі, його форм, методів, засобів та сучасних освітніх технологій;
-провідних видів навчальних занять, способів їх проектування, проведення й дидактичного аналізу;
-мети і провідних завдань професійного виховання студентів, способів формування їх національної свідомості, громадянської позиції, гендерної, моральної та науково-дослідницької культури;
-основних напрямів виховання студентів у процесі навчання та у позанавчальний час;
- педагогічної інноватики в системі вищої освіти;
-сучасних вимог до професіоналізму особистості та діяльності викладача вищої школи, його ролі у процесі вдосконалення освітньо-професійних програм і навчальних планів;

вміти:

-аналізувати основні нормативні та державні документи про вищу освіту та функціонування закладу вищої освіти;
- працювати з науково-педагогічними й дидактико-методичними першоджерелами;
-застосовувати отримані теоретичні знання у практиці навчання й виховання студентів;
-організовувати освітній процес у вищій школі із урахуванням традиційних та новітніх технологій навчання й виховання студентів;
- аналізувати навчально-методичні комплекси дисциплін;
- розробляти робочі програми з дисциплін спеціалізації;
-розробляти плани-конспекти лекцій, практичних, семінарських занять для здобувачів вищої освіти;
-складати портфоліо для навчальних тем дисциплін спеціалізації;
-проектувати й ефективно застосовувати різні способи й засоби контролю академічних успіхів студентів, а також здійснювати моніторинг якості освітнього процесу;
-забезпечувати демократичний, особистісно зорієнтований, гуманістичний стиль керівництва в сфері вищої освіти;
-аналізувати й прогнозувати наслідки впровадження педагогічних інновацій у вищій школі;

володіти:

-сучасними технологіями викладання навчальних дисциплін;
-інноваційними засобами організації самостійно-пошукової й науково-дослідницької діяльності студентів;
-інтерактивними техніками організації навчально-пізнавальної й навчально-професійної діяльності студентів;
-демократичним стилем педагогічного спілкування;
-засобами педагогічної техніки, майстерності та артистизму.

Зміст дисципліни:

1. Предмет, завдання і соціальна місія педагогіки вищої школи. Основи наукових досліджень у галузі педагогіки вищої школи. Історія і тенденції розвитку вищої освіти.
2. Специфіка організації процесу навчання у вищій школі. Дидактичні підходи і принципи, методи і форми навчання у вищій школі. Сучасні технології навчання у вищій школі. Основи педагогічного контролю та моніторингу якості освітнього процесу у вищій школі. Студент як суб’єкт навчання і здобувач вищої освіти.
3. Специфіка організації процесу виховання у вищій школі. Принципи, методи і форми виховання у вищій школі. Виховна робота куратора академічної групи.
4. Концептуальні засади педагогічного менеджменту у вищій школі. Специфіка науково-педагогічної діяльності викладача вищої школи як менеджера освітнього процесу. Система організації науково-методичної роботи у вищій школі
5. Інновації в системі вищої освіти. Викладач вищої школи як суб’єкт інноваційної педагогічної діяльності.

РЕКОМЕНДОВАНА ЛІТЕРАТУРА:

Законодавчі і нормативні документи
1. Закон України «Про освіту» URL: vnz.org.ua/zakonodavstvoosvitu.
2. Закон України « Про вищу освіту» URL: vnz.org.ua/zakonodavstvo/111-zakon-ukrayiny-pro-vyschu-osvitu.
3. Концепція розвитку педагогічної освіти: Затверджено Наказом Міністерства освіти і науки України від 16 липня 2018 р. № 776.
4. Національна стратегія розвитку освіти в Україні на період до 2021 року: Указ Президента України від 25 червня 2013 р. № 344.
5. Положення про освітньо-кваліфікаційні рівні (ступеневу освіту). Постанова КМ України від 20.01.1998 р. № 65.Офіційний вісник України. 1998. №3. С.202-207.
6. «Про затвердження переліку галузей знань і спеціальностей, за якими здійснюється підготовка здобувачів вищої освіти». Постанова КМ України від 29.04.2015 № 266.
7. Про Державну національну програму «Освіта» («Україна XXI століття») : Постанова Кабінету Міністрів України No 896 від 03. 11.2004 р.
8. Про затвердження Національної рамки кваліфікацій України: Постанова КМ України N1341 від 23.11.2011 р.
9. Про Національну доктрину розвитку освіти : Указ Президента України N 347/2002 від 17.04.2002 р.
10. Про організацію навчального процесу в кредитно-модульній системі підготовки фахівців: Тимчасове положення. Наказ МОН Украни від 23.01.2004. №48.
11. Про Положення про національний заклад (установу) України : Указ Президента України N 1334/2004 (1334/2004) від 02.11.2004 р.

Підручники та навчальні посібники

1. Алексюк А.М. Педагогіка вищої освіти України: Історія. Теорія: Підручник для студентів, аспірантів та молодих викладачів вищих навчальних закладів. К.:Либідь, 1998. 554 с.
2. Артемова Л.В. Педагогіка і методика вищої школи: Навч.- метод. посіб. К.: Кондор, 2008. 272 с.
3. Барановська Л.В. Педагогіка та психологія вищої: школи:навч.посб. К.: НАУ, 2015. 240с.
4. Вітвицька С.С. Основи педагогіки вищої школи : підручник. К. : Центр навч. літератури, 2006. 384 с.
5. Кнодель Л. В. Педагогіка вищої школи : посібник. К.: Вид. Паливода А.В., 2008. 136 с.
6. Кузьмінський А.І. Педагогіка вищої школи: навчальний посібник. К.: Знання, 2005. 486с.
7. Кудіна В.В., Соловей М.І., Спіцин Є.С. Педагогіки вищої школи. К.: Ленвіт, 2007.
8. Мороз О. Г. Педагогіка і психологія вищої школи : навч. посіб. К.: НПУ, 2003. 267с.
9. Педагогика и психология высшей школы : учеб. пособие для вузов / ред. М.В.Буланова-Топоркова. Ростов н/Д: Феникс, 2002. 544 с.
10. Педагогика и психология высшей школы: Учеб. пособ. для студ. и аспирантов вузов / Под ред. С.И.Самыгина. Ростов-на-Дону: Феникс, 1998. 544с.
11. Приходько М.І. Педагогіки вищої школи: курс лекцій. Запоріжжя ЗДУ, 2001. 150 с.
12. Туркот Т.І. Педагогіка вищої школи: Навч. посібник. К.: Конкор, 2011. 628 с.
13. Фіцула М. М. Педагогіка вищої школи : навч. посібник. К.: "Академвидав", 2006. 352 с.
14. Хрестоматія з педагогіки вищої школи : навч. посібн. / за заг. ред. В. І. Лозової. Х.: Віровець А.П. "Апостроф", 2011. 408 с.

Електронні інформаційні ресурси

1. Офіційний сайт Міністерства освіти і науки України;
2. Сайт Національної бібліотеки України імені В.І. Вернадського;
3. Сайт Державної науково-педагогічної бібліотеки України імені В.О. Сухомлинського;
4. Освітній портал – освіта в Україні, освіта за кордоном;
5. Освітній шкільний інтернет-портал «Острів знань»;
6. Офіційні документи ОНУ ім. І.І.Мечникова

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

ПОСИЛАННЯ НА МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ «ПЕДАГОГІКА ВИЩОЇ ШКОЛИ»

* ОБОВ'ЯЗКОВО ОБИРАЮТЬ ЗДОБУВАЧІ, У ДОДАТКАХ ДО ДИПЛОМУ СПЕЦІАЛІСТА (МАГІСТРА) ЯКИХ, ТАКА ДИСЦИПЛІНА ВІДСУТНЯ.

БЛОК ДИСЦИПЛІН ІІ. ЗДОБУВАЧ ОБИРАЄ 4 ДИСЦИПЛІНУ З БЛОКУ ІІ.
КОЖНА ДИСЦИПЛІНА СКЛАДАЄ 90 ГОДИН/3 КРЕДИТИ ЄКТС.

Рік підготовки 1-2
Загальна кількість кредитів ECTS / годин: 3 / 90
Форма контролю залік

Метою викладання нормативного курсу «Комп’ютерне моделювання стану популяцій» є ознайомлення з математичними поняттями і популярними методами комп'ютерного моделювання, знання яких необхідне для успішного дослідження в області біології; освоять відомий пакет програм, до складу якого входять CMSY, AMSY, BSM, LBB, BCrumb для комп'ютерного моделювання стану популяцій.

Завданням курсу є освоєння основних математичних понять і методів, які використовуються при комп'ютерному моделюванні стану популяцій, набуття навичок обробки, класифікації, аналізу і інтерпретації даних у відповідному програмному забезпеченні.

Результати навчання:

Застосовувати сучасні інструменти і технології пошуку, оброблення та аналізу інформації у сфері професійної діяльності або навчання.

Вміти формулювати наукову проблему, розробляти та перевіряти гіпотези, визначати актуальність, мету, завдання, необхідні ресурси та час для реалізації самостійного наукового дослідження , що передбачає глибоке переосмислення наявних та створення нових цілісних знань та/або професійної практики.
Обирати і застосовувати найбільш доцільні методи та інструментарій при здійсненні емпіричних досліджень у галузі біології

Розробляти та досліджувати концептуальні, математичні і комп’ютерні моделі процесів і систем, ефективно використовувати їх для отримання нових знань та/або створення інноваційних продуктів у біології та дотичних міждисциплінарних напрямах.

Зміст дисципліни:

Огляд сучасних комп’ютерних моделей для оцінки стану популяції. Рівняння Шефера. Стохастичний метод обчислення Монте-Карло. Оцінка коефіцієнтів, що характеризують популяцію. Продукційна модель CMSY за даними вилову. Вдосконалена байєcівська продукціна модель BSM.

Література:

1. Froese R., Demirel N., Coro G., Kleisner K., Winker H. Estimating fisheries reference points from catch and resilience // Fishand Fisheries, 18 (3). – 2017. – pp. 506-526.
2. R. Froese, N. Demirel, G. Coro and H. Winker. A Simple User Guide for CMSY and BSM. – 2019. – 11 с.
3. Математическое и компьютерное моделирование в биологии : учеб.-метод. пособие / С. Е. Дромашко. – 2009. – 65 с.
4. Goodyear C. P. Spawning stock biomass per recruit in fisheries management: foundation and current use // Can. Spec. Publ. Fish. Aquat. Sci., vol. 120. – 1993. – pp. 67–82.
5. Modeling Life / Alan Garfinkel, Jane Shevtsov, Yina Guo. – Springer New York. – 2017. Безкоштовне завантаження на сайті Springer.
6. Methods of Mathematical Modelling / Thomas Witelski, Mark Bowen. – Springer New York. – 2015. Безкоштовне завантаження на сайті Springer.
7. Froese R., Winker H., Coro G., Demirel N., Tsikliras A., Dimarchopoulou D., Scarcella G., Probst W.N., Dureuil M., Pauly D.. A new approach for estimating stock status from length frequency data // ICES Journal of Marine Science, vol. 75 (6). – 2018. – pp. 2004-2015.
8. Hordyk A., Ono K., Sainsbury K., Loneragan N., and Prince J. Some explorations of the life history ratios to describe length composition, spawning?per?recruit, and the spawning potential ratio // ICES Journal of Marine Science, vol. 72 (1). – 2015. – pp. 204-216.
9. Methot R., Wetzel C. Stock synthesis: A biological and statistical framework for fish stock assessment and fishery management // Fish. Res., vol. 142. – 2013. – pp. 86-99.
10. Nielsen, A., Berg, C. 2014. Estimation of time-varying selectivity in stock assessments using state-space models // Fish. Res., vol. 158. – 96–101 pp.
11. Sparre P., Venema C. S. Introduction to tropical fish stock assessment. P. I: Manual. – Rome: FAO Fish. Tech. Pap. Rev. vol. 306/1, Rev. 2. – 1998. – 407 p.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Викладачі - професор, д.б.н. С.В. Чеботар,
доцент, к.б.н. В.А. Топтіков

Метою дисципліни «Молекулярні маркери» є розширення у здобувачів третього освітнього рівня уявлень про структурну організацію та використання молекулярних маркерів для визначення генетичного поліморфізму в генотипах еукаріот, для вивчення еволюційних процесів, що відбуваються при формуванні складних геномів еукаріот.

Завдання дисципліни:

1) ознайомити здобувачів з сучасними інструментами і технологіями визначення генетичного поліморфізму;
2) сформувати у здобувачів уявлення про способи маркування генетичного матеріалу, системи маркерів, їх інформативність, переваги та недоліки;
3) сформувати у здобувачів уявлення про принципи застосування різних типів молекулярних маркерів біохімічних і ДНК-маркерів для визначення генетичного поліморфізму;
4) довести до уваги здобувачів важливість і необхідність використання молекулярних маркерів для вирішення фундаментальних та практичних питань біології, селекції, медицини;
5) сформувати у здобувачів уявлення про маркер опосередковану селекцію (marker assisted selection (MAS));
6) ознайомити здобувачів з методами аналізу асоціацій між молекулярними маркерами та фенотиповими ознаками.

У результаті вивчення навчальної дисципліни студенти отримують знання щодо: методів біохімічної генетики і молекулярної біології нового покоління, які застосовуються при вивченні генетичного поліморфізму і структурно-функціональної організації геномів прокаріот та еукаріот; методів ПЛР-аналізу, які використовуються для визначення певних алелів генів в медико-біологічних і генетико-селекційних дослідженнях.

Також студенти вміють: організовувати експерименти з вивчення генетичного поліморфізму; відбирати селективні маркери для добору певних генотипів; добирати адекватні і коректні методи проведення наукового дослідження з використанням молекулярних маркерів; знаходити шляхи застосування маркерного аналізу для медико-біологічних і генетико-селекційних досліджень; володіють підходами щодо ідентифікації генів в геномних послідовностях та визначення їх функцій.

Згідно робочої програми дисципліни «Молекулярні маркери» планується провести 16 годин лекцій і 14 годин семінарських занять, для оцінювання набутих знань проводиться усне опитування на семінарах та тестування, форма підсумкового контролю: залік.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:
Молекулярно-генетичні маркери адаптації до гіпоксії у спортсменів

Викладач - професор, д.б.н. С.В. Чеботар.

Метою вибіркового курсу «Геноміка (теоретичні та практичні аспекти)» є розширення у здобувачів третього совітнього рівня уявлень про організацію й функціонування геномів прокаріот та еукаріот; еволюційні процеси, що відбуваються при формуванні складних геномів еукаріот, наприклад, поліплоїдизації. Важливим є розуміння прогресу, що відбувся у геноміці із використанням New Generation Sequencing технологій, зокрема Illumina GA/HiSeq, з повногеномним секвенуванням, екзомним секвенуванням, та знайомство з методами анотування геномних послідовностей й аналізу міжнародних баз даних геномних послідовностей. Особлива увага приділяється способам вилучення функціональної інформації з наявних геномних послідовностей.

У межах цієї дисципліни майбутні доктори філософії знайомляться з порівняльними дослідженнями анотованих геномів та секвенованих генних послідовностей; сучасними інструментами і технологіями структурного і функціонального аналізу геномів (робота з базами даних NCBI, ЕМВL та ін., використання основних комп'ютерних програм для порівняння геномних послідовностей (пакети ВLАSТ, MAFFT, MUSCLE, T-COFFEE та ін.); методами і можливостями геномної селекції та методами аналізу асоціацій між геномними локусами та фенотиповими ознаками; епігенетичними механізми регуляції реалізації генетичної інформації.

В цілому вивчення цієї дисципліни необхідне для розуміння важливості і необхідності геномних розробок у вирішенні фундаментальних та практичних питань біології, сільського господарства, медицини. А також для розуміння ˗ яким чином генетичне підґрунтя впливає на фенотиповий прояв ознак.

Згідно робочої програми з дисципліни «Геноміка (теоретичні та практичні аспекти)» планується провести 16 годин лекцій і 14 годин семінарських занять.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:
CУЧАСНИЙ СТАН СЕКВЕНУВАННЯ ЯДЕРНОГО ГЕНОМУ ПШЕНИЦІ (TRITICUM AESTIVUM L.)

Викладач - професор, д.б.н. С.В. Чеботар

Метою дисципліни «Сучасні ДНК-технології» є розширення у здобувачів третього освітнього рівня уявлень про сучасні ДНК-технології, які створюють науково-технічну основу для розвитку біотехнології, їх використання в молекулярно-генетичних дослідженнях прокаріот та еукаріот, в прикладних розробках для медицини і селекції.

Завдання дисципліни:

1. ознайомити здобувачів з сучасними ДНК-технологіями визначення генетичного поліморфізму;
2. надати інформацію про генотипування і картування шляхом секвенування, РНК-Seq секвенування;
3. сформувати у здобувачів уявлення про принципи застосування microarray-технології;
4. ознайомити здобувачів з транскриптомними дослідженнями, їх значенням для медицини і селекції;
5. сформувати у здобувачів уявлення про DАrT-технологію скринінгу генетичного матеріалу;
6. сформувати у здобувачів уявлення про маркер опосередковану селекцію (marker assisted selection (MAS));
7. ознайомити здобувачів з технологіями редагування геномів системою СRISPR/Cas9 та TALLEN й з TILLING-технологією.

В рамках курсу здобувачі мають завдання здійснити пошук інформації в міжнародній базі NCBI стосовно даних з секвенування геномів біологічних видів, що досліджуються в дисертаційних роботах, визначитися з даними, що характеризують ці геноми, проаналізувати відомості за спорідненими видами, та застосувати набуту інформацію при написанні дисертації. Якщо у дисертаційній роботі вивчаються протеїни або ознаки біологічних видів, провести пошукову роботу для з’ясування генетичної детермінації цих ознак. Обговорення зібраної інформації та визначених характеристик здійснюється на семінарському занятті.

Згідно робочої програми дисципліни «Сучасні ДНК-технології» планується провести 16 годин лекцій і 14 годин семінарських занять, для оцінювання набутих знань проводяться усні опитування протягом семінарських занять та тестування, форма підсумкового контролю: залік.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

CУЧАСНИЙ СТАН СЕКВЕНУВАННЯ ЯДЕРНОГО ГЕНОМУ ПШЕНИЦІ (TRITICUM AESTIVUM L.)

БІОІНФОРМАТИВНИЙ АНАЛІЗ НУКЛЕОТИДНИХ ПОСЛІДОВНОСТЕЙ АЛЕЛІВ ГЕНІВ КОРОТКОСТЕБЛОВОСТІ ПШЕНИЦІ RHT-B1 ТА RHT-D1

Викладач - професор, д.б.н. С.В. Чеботар

Метою дисципліни «ДНК-типування біологічних об’єктів» є розширення у здобувачів третього освітнього рівня уявлень про методи, як використовуються для генотипування біологічних об’єктів, їх ідентифікації, визначення генетичної спорідненості й автентичності. Такі методи застосовуються в прикладних розробках для паспортизації генотипів сільськогосподарських рослин, захисту авторських прав, в сучасній медицині і судово-медичній експертизі.

Завдання дисципліни:

1. Ознайомити здобувачів з сучасними технологіями генотипування, зокрема генотипуванням шляхом секвенування та з використанням мікрочипів, SNP- і iPBS-генотипуванням;
2. Сформувати у здобувачів уявлення про DАrT технологію скринінгу генетичного матеріалу;
3. Сформувати у здобувачів уявлення про технологію ДНК-фінгерпринтингу, у тому числі із використанням iPBS маркерів;
4. Сформувати у здобувачів уявлення про застосування ДНК-технологій генотипування для захисту авторських прав на сорти рослин;
5. Ознайомити здобувачів з генотипуванням людини у медичних цілях з метою визначення схильності до різних захворювань та для проведення судово-медичних експертиз.
В рамках курсу здобувачі мають лекційні заняття за темами: 1 ˗ Генетичне підґрунтя для генотипування; 2 ˗ Генотипування шляхом секвенування; 3 ˗ SNP–генотипування; 4 ˗ Високопродуктивне генотипування (high-troughput genotyping); 5 ˗ ДНК-фінгерпринтинг; 6 ˗ iPBS: універсальний метод ДНК-фінгерпринтингу та виділення ретротранспозонів; 7 ˗ Використання молекулярно-генетичних маркерів з метою захисту прав інтелектуальної власності на сорти рослин; 8 ˗ Медичне генотипування людини; та семінарські заняття: 1 ˗ Сучасні методи дослідження молекулярно-генетичного поліморфізму, що застосовуються при генотипуванні біологічних об’єктів; 2 ˗ Сучасні методи секвенування для генотипування; 3 ˗ Високоефективне генотипування для геномної селекції; 4 ˗ Прикладні аспекти високоефективного генотипування; 5 ˗ Використання фрагмент аналізу для генотипування; 6 ˗ Генотипування людини у судово-медичній експертизі; 7 ˗ Генотипування людини для медичних цілей.

Таким чином здобувачі набувають найсучасніших знань з технологій ДНК-типування, які широко використовуються при держреєстрації сортів рослин, в селекційній практиці, в практиці захисту прав на сорти рослин, при роботі з генетичними ресурсами рослин та організації роботи в генбанках, в персоніфікованій медицині, в фармакогенетиці і фармакогеноміці. Технології на основі ДНК-типування мають перспективи розвитку щодо застосування в експертизі харчових продуктів, яка проводиться з метою визначення відповідності продукції, при захисті біологічних видів в умовах навколишнього середовища, що змінюються.

Згідно робочої програми дисципліни «ДНК-типування біологічних об’єктів» планується провести 16 годин лекцій і 14 годин семінарських занять, для оцінювання набутих знань проводяться усні опитування протягом семінарських занять та тестування, форма підсумкового контролю: залік.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:
ВИКОРИСТАННЯ ПЛР-АНАЛИЗУ В ГЕНЕТИКО-СЕЛЕКЦІЙНИХ ДОСЛІДЖЕННЯХ

Силабус

Робоча програма

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Силабус

Робоча програма

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Гербарна колекція Г.Й. Потапенка

Гербарна колекція Е.Е. Ліндеманна

Гербарна колекція Й.К. Пачоського

Гербарна колекція П.С. Шестерікова

АТЛАС Drosophila melanogaster (КОЛЕКЦІЯ КАФЕДРИ ГЕНЕТИКИ І МОЛЕКУЛЯРНОЇ БІОЛОГІЇ ОНУ ІМЕНІ І. І. МЕЧНИКОВА)

Силабус

Робоча програма

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 1/2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладач: Кандидат біологічних наук, доцент Галкін Микола Борисович
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології . E- mail: kgalkin@onu.edu.ua

Опис дисцпліни:

Метою викладання даного курсу є надання знань з основних принципів міжклітинної комунікації у мікроорганізмів і процесу формування ними біоплівок.

Основне завдання полягає в тому, щоб сформувати у здобувачів уявлення про молекулярні механізми міжклітинної комунікації у мікроорганізмів; особливості структурно-функціональної організації біоплівок та закономірності процесу їх утворення; теоретичні та прикладні аспекти процесу утворення біоплівок.

Результати навчання:

- знати загальні закономірності сучасної науки; труднощі і парадокси науки; соціально-культурні та екологічні наслідки техніки і технологій, форми наукових дискусій; принципи методології системного підходу в науці, основні поняття синергетики;
- знати основні молекулярні механізми міжклітинної комунікації у мікроорганізмів;
- знати основні форми надорганізмових структур мікроорганізмів;
- знати основні сигнальні процеси, задіяні у процесах міжклітинної комунікації у мікроорганізмів;
- аналізувати особливості молекулярних механізмів міжклітинної комунікації у різних видів мікроорганізмів.

Форми та методи контролю: Модульний контроль з кожного змістовного модуля здійснюється за допомогою письмової контрольної роботи.

Політика оцінювання: Підсумкове оцінювання – результат сумарного контролю (середньозважена з оцінок за кожний змістовний модуль). Рівень знань здобувача оцінюється за 100–бальною шкалою. Форма підсумкового контролю з дисципліни – залік.

Основна література:

1. Microbial Biofilms. Methods and Protocols / Donelli G. (Ed.). – New York: Springer publishing, 2014. – 377 p.
2. Microbial Biofilms: Omics Biology, Antimicrobials and Clinical Implications / Seneviratne C. (Ed.). – London: CRC Press, 2017. – 274 p.
3. Microbial Biofilms:Importance and Applications / Dhanasekaran D., Thajuddin N. (eds). – London: IntechOpen, 2016. – 524 p.
4. Biofilms: Extracellular Bastions of Bacteria / Decho A.W. (Ed). –Basel: IJMS, 2014. – 288 p.
5. Naz I., Hodgson D., Smith A., Marchesi J., Sehar S., Ahmed S., Lynch J., Avignone?Rossa C., Saroj D.P. Investigation of the active biofilm communities on polypropylene filter media in a fixed biofilm reactor for wastewater treatment // J. Chem. Technol. Biotechnol. – 2018. – Vol. 93. – Р. 3264-3275. doi:10.1002/jctb.5686
6. Stoica P., Chifiriuc M.C., Rapa M., Lazar V. Overview of biofilm-related problems in medical devices // Biofilms and Implantable Medical Devices Journal. – 2017. – Vol. 12. – P. 3-23. https://doi.org/10.1016/B978-0-08-100382-4.00001-0.
7. Lu L., Hu W., Tian Z. Developing natural products as potential anti-biofilm agents // Chin Med. – 2019. – Vol. 14, 11 https://doi.org/10.1186/s13020-019-0232-2
8. Velmourougane K., Prasanna R., Saxena A.K. Agriculturally important microbial biofilms: Present status and future prospects // J Basic Microbiol. – 2017. – Vol. 9999. – P. 1 – 10. https://doi.org/10.1002/jobm.201700046
9. Truu M., Oopkaup K., Krustok I., Koiv-Vainik M., Nolvak H., Truu J. Bacterial community activity and dynamics in the biofilm of an experimental hybrid wetland system treating greywater // Environmental Science and Pollution Research. – 2018. – 10.1007/s11356-018-3940-8

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

МОЛЕКУЛЯРНІ МЕХАНІЗМИ ІНФОРМАЦІЙНОЇ КОМУНІКАЦІЇ МІКРООРГАНІЗМІВ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 2
Кількість кредитів: 1
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття
Викладач: канд. біол. наук., доцент Васильєва Наталія Юріївна
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології, Email:tatkamic@onu.edu.ua

Опис дисципліни:

Мета і завдання дисципліни.
Метою дисципліни є ознайомлення здобувачів з теоретичними та практичними засадами отримання, підготовки та аналізу геномних даних та набуття ними навичок використання сучасних біонформаційних методів аналізу геномної інформації.

Завдання:

1. Ознайомити зі способами отримання геномної інформації, наведеноїу цифровому вигляді, та методами роботи з нею;
2. Навчити самостійно обробляти геномні дані; планувати та проводити дослідження в галузі обчислювальної геноміки;
3. Розглянути в повному обсязі всю послідовність роботи з продуктами секвенування від первинної обробки даних до порівняльного аналізу зібраних геномів.
4. Розглянути алгоритми та методи збірки геному.
5. Розглянути можливості практичного використання серверу Galaxy для обробкигеномних даних.

Результатинавчання:

Отримані студентами знання про основигеномногоаналізу та набуті ними навичкипроведенняобробки та аналізуданих геномного секвенування та інтерпретаціїйогорезультатів.

Форми та методи контролю:

Поточний контроль здійснюється у виглядіопитування на лекціях тасемінарськихзаняттях. Модульний контроль проводиться за допомогоютестів та відповідей на відкритізапитання.

Політика оцінювання:

Підсумкова оцінка є сумою оцінок поточного та модульного контролю.

Основналітература:

1. Chaitanya K. V. Genome and Genomics From Archaea to Eukaryotes. Springer Nature Singapore Pte Ltd. 2019.
2. Kalkatawi M, Alam I, Bajic VB. BEACON: automated tool for Bacterial Genome Annotation Comparison. BMC Genomics. 2015; 16(1):1–8.
3. Longmead B., Salzberg S. L. Fast gapped-read alignment with Bowtie2. – 2012.
4. Medema M. H., Blin К.,CimermancicР., de Jager V., ZakrzewskiР., Fischbach M. A., Weber T., Breitling R., Takano Е. antiSMASH: Rapid identification, annotation and analysis of secondary metabolite biosynthesis gene clusters. NucleicAcidsResearch (2011) doi: 10.1093/nar/gkr466
5. Navarro-Muñoz J. C., Selem-Mojica N., Mullowney M. W., Kautsar S. A., Tryon J. H., Parkinson E. I. et al. A computational framework to explore large-scale biosynthetic diversity. Nat Chem Biol. 2020; 16(1): 60-68
6. Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation Bioinformatics 2014 Jul 15;30(14):2068-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btu153.
7. Skinnider M. A., Dejong C. A., Rees P. N., Johnston C. W., Li H., Webster A. L. H., Wyatt M. A., Magarvey N. A. Genomes to natural products PRediction Informatics for Secondary Metabolomes (PRISM) Nucleic Acids Research, Volume 43, Issue 20, 16 November 2015, Pages 9645–9662, https://doi.org/10.1093/nar/gkv1012
8. Trapnell C., Pachter L., Salzberg S. L. TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq //Bioinformatics. – 2009. – Т. 25. – №. 9. – С. 1105-1111.
9. Wattam A. R., Brettin T., Davis J. J., Gerdes S., Kenyon R., Machi D. et al. Assembly, Annotation, and Comparative Genomics in PATRIC, the All Bacterial Bioinformatics Resource Center. ComparativeGenomics. MethodsMolBiol. 2018; 1704: 79-101.
10. Yoon, S. H., Ha, S. M., Lim, J. M., Kwon, S.J. & Chun, J. (2017). A large-scale evaluation of algorithms to calculate average nucleotide identity. AntonievanLeeuwenhoek. 110:1281–1286
11. van Heel A. J., de Jong A., Song C., Viel J. H., Kok J., Kuipers O. P. BAGEL4: a user-friendly web server to thoroughly mine RiPPs and bacteriocins. Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W278-W281. doi: 10.1093/nar/gky383.

Електронні джерела:

1. Програма FastQC–https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
2. https://dnacore.missouri.edu/PDF/FastQC_Manual.pdf
3. llumina SequencingTechnologyhttp://www.illumina.com/documents/products/techspotlights/techspotlight_sequencing.pdf
4. FASTQ format specification –URL: http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
5. TerraGenome (Франция)Метагеномныйпроект направленный на сбор и анализ метагеномных данных по почвенной метагеномике - http://www.terragenome.org/

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Програма курсу була розроблена у 2020 році. За основу при розробці курсу були взяті матеріали с он-лайн ресурсів:
Graph Algorithms in Genome Sequencing
Introduction to Bioconductor: Annotation and Analysis of Genomes and Genomic Assays
Genomic Data Science Specialization
Whole genome sequencing of bacterial genomes - tools and applications

БІОІНФОРМАТИКА. РОБОТА З BLAST (МЕТОДИЧНІ ВКАЗІВКИ ДО ПРАКТИЧНИХ РОБОТИ З ДИСЦИПЛІНИ БІОІНФОРМАТИКА)

Викладач: канд. біол. наук., доцент Васильєва Н.Ю.

Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології, Email: tatkamic@onu.edu.ua
Опис дисципліни:

Мета і завдання дисципліни:

Метою курсу є освоєння статистичної методології збору та обробки даних для практичного застосування методів статистики в біологічних та біомедичнихдослідженнях; побудова статистичних моделей; формування біологічно обґрунтованих висновків і наочного представлення результатів аналізу.

Одним з найбільш важливих завдань курсу є поглиблене вивчення можливості візуалізація і аналізу даних на мові R. В рамках курсувирішують завдання класифікації (лінійний дискриминант Фішера, логістична регресія, метод k-найближчих сусідів, метод опорних векторів, дерева рішень),кластеризації (метод DBSCAN, k-середніх, ієрархічна кластеризація), зниження розмірності простору (метод головних компонент) , визначенню значимих ознак та інше.
Крім того, розглянута можливість вибору альтернативних пакетів для вирішення прикладних завдань біології з елементами візуалізації, на підставі програми R 3.6.0 і мови R.

Зарезультатами навчання слухач повинен знати: методи статистики і особливості їх коректного застосування; імовірнісний характер явищ природи, властивості та особливості статистичного розподілу даних; способи аналізу біологічних та біомедичних даних із застосуванням методів математичної статистики; сучасні інформаційні засоби та технології, що використовуються при статистичному аналізі біологічних даних. Вміти самостійно планувати хід робіт і виконувати методи математичного аналізу; використовувати універсальні пакети прикладних комп'ютерних програм, працювати зі спеціалізованими статистичними пакетами програм; збирати і готувати дані для їх статистичної обробки; грамотно застосовувати параметричні і непараметричні методи для обробки експериментальних даних; інтерпретувати отримані результати відповідно до цілей дослідження.

Комп’ютерне тестування– результат сумарного контролю з теоретичних знань. Підсумкова робота, яка включає знання здобувачами необхідних програм та їх самостійний аналіз для вибору методу статистичного аналізу та застосування необхідних пакетів.

Політика оцінювання:

Підсумкова оцінка є сумою оцінок поточного та модульного контролю.

Основна література:

1. Боровков А.А. Математическая статистика. Оценкапараметров. Проверкагипотез. М.: Наука, 1984 – 472 с.
2. Венэбльз У.Н., Смит Д. М. Введение в R Пер. с англ. — Москва, 2013. — 109с. – (сериятехническойдокументации)
3. Гланц С. Медико-биологическая статистика. Пер. с англ. — М., Практика, 1998. — 459 с.
4. Гублер Е. В. Применениенепараметрическихкритериев статистики в медико-биологическихисследованиях / Е. В. Гублер, А. А. Генкин - Л.: Медицина,1973. - 144 с.
5. Гусаров В.М. Статистика: учеб. пособие для вузов / В.М.Гусаров. - М.: Юнити-Дана, 2002.– 465 с.
6. ДжинжерСаймон. Анализданных в Excel: наглядный курс созданияотчетов, диаграмм и сводныхтаблиц.– М: «Вильямс», 2014.– 535 с.
7. Ефимова М.Р. Практикум по общейтеории статистики: учеб. пособие / М.Р. Ефимова, О.И. Ганченко, Е.В. Петрова. - 3-е изд., перераб. и доп. — М: Финансы и статистика, 2011.– 369 с.
8.9. Кендалл М.Дж., Стьюарт А. Многомерныйстатистическийанализ и временныеряды: Пер. с англ . — М.:Наука. Гл. ред. физ.–мат. лит., 1976. — 736 с.
10. Лакин Г.Ф. БиометрияУчебноепособие для биол. спец. вузов, 4-е изд., перераб. и доп./ Г.Ф. Лакин. - М.: Высшая школа, 1990.- 352 с.
11. Новиков Д. А., Новочадов В. В. Статистическиеметоды в медико-биологическомэксперименте (типовыеслучаи). Волгоград: ИздательствоВолГМУ, 2005. – 84 с.
12. Сиделев С. И. Математическиеметоды в биологии и экологии: введение в элементарнуюбиометрию: учебноепособие / С. И. Сиделев; Яросл. гос. ун-т им. П. Г. Демидова. –Ярославль : ЯрГУ, 2012. – 140 с.
13. Тихонов С. В. Практическиезанятия по математическим методам в биологии и экологии / С. В. Тихонов. – Ярославль : ЯрГУ, 2003. – 102 с.
14. Трофимова, Е. А. Математическиеметодыанализа / Е. А. Трофимова, С. В. Плотников, Д. В. Гилёв ; [подобщ. ред. Е. А. Трофимовой] ; М-во образования и науки Рос. Федерации, Урал. федер. ун-т. — Екатеринбург : Издво Урал. ун-та, 2015. – 272 с.
15. Урбах В. Ю. Статистическийанализ в биологических и медицинскихисследованиях / В. Ю. Урбах. – М. : Медицина, 1975ю – 279 с.
16. Факторный, дискриминантный и кластерныйанализ: Пер. с англ., /Джон Ким, Ч.У.Мьюллер и др. — М.: Финансы и статистика, 1989. — 215 с.

Додаткова:

1. Зорин А.В., Федоткин М.А. Введение в прикладнойстатистическийанализ в пакете R (Учебно-методическоепособие)/ А.В. Зорин, М.А. Федоткин – ННГУ, 2010. – 50 c.
2. Ивченко Г. И., Медведев Ю. И. Математическая статистика: Учебник. — М.: Книжныйдом «ЛИБРОКОМ», 2014. — 352 с.
3. Кабаков Р. И. R в действии. Анализ и визуализацияданных в программе R / пер. с англ. Полины А. Волковой. – М.: ДМК Пресс, 2014. – 588 с.
4. Зарядов И. С. Введение в статистический пакет R: типыпеременных, структурыданных, чтение и записьинформации, графика/ И. С Зарядов – М. : ИздательствоРоссийскогоуниверситетадружбынародов, 2010. – 207 c.
5. Lam L. Anintroductionto R. – Springer, 2010. – 212 p.
6. Paradis E. R forBeginners. – Springer, 2005. – 76 p.
7. Wickham H., Grolemund G. R forDataScience. – O’ReillyMedia, 2016. – 522 p.
8. Интенсивный курс программирования в Excel за выходные. : Пер. с англ. — і доп. - К.: МОРІОН, 2001. - 408 с.
9. Лапач С.М., Чубенко А.В., Бабіч П.М. Статистичні методи в медико-біологічних дослідженнях із застосуванням Ехсеї. — 2-е вид., персроб. - К. : Морион, 2000. - 320 c.
10. Берк К., Кэйри П. Анализданных с помощью Microsoft Excel. : Пер. с англ. — М. : Издательскийдом "Вильяме", 2005. — 560 с.
11. Леончик Е. Ю. Кластерныйанализ: терминология, методы, задачи. – ОНУ, методическоепособие – 2011.
12. Лялин B.C. Статистика: теория и практика в Excel: учеб. пособие / B.C. Лялин, И.Г. Зверева, Н.Г. Никифорова. — М.: Финансы и статистика; ИНФРА-М, 2010. - 448 с.
13. Ризниченко Г. Ю. Математическимодел в биофизик и экологии. — Москва Ижевск: Институкомпьютерныисследований, 2003. –184 стр.
14. Рыков В.В., Иткин В.Ю. Математическая статистика и планированиеэксперимента. – М: РГУ нефти и газаим. И.М.Губкина, 2009. – 303 с.
15. Статистика: теория и практика в Excel: учеб. пособие / B.C. Лялин, И.Г. Зверева, Н.Г. Никифорова. — М.: Финансы и статистика; ИНФРА-М, 2010. - 448 с.
16. Тюрин Ю.Н, Макаров А.А. Анализданных на компьютере. М.: Инфра-М, 2003 – 544 с.

Електронні інформаційні ресурси:

Офіційний сайт R https://cran.r-project.org/
Он-лайн тренінг з R http://rextester.com/l/r_online_compiler
Он-лайн тренінг з R https://www.jdoodle.com/execute-r-online
Он-лайн тренінг з R https://www.rstudio.com/online-learning/
Ресурс для розрахунку χ2 - критерію Пірсона - http://www.psychol-ok.ru/statistics/pearson/;
Електронний підручник з розділом прикладної статистики - http://www.machinelearning.ru/wiki/index.php
Електронний підручник з математичній статистиці - https://ru.wikibooks.org/wiki
Електронний ресурс з математичній статистиці - http://matstats.ru/index.html
Електронний ресурс по критеріям згоди - http://cito-web.yspu.org/link1/metod/met125/node23.html
Безкоштовна програма по статистичній обробці даних STADIA http://protein.bio.msu.ru/~akula/Podr2~1.htm
Перелік англомовних ресурсів безкоштовних програм для статистичної обробки даних - http://secondarydata.com/software/index.asp
Електронний ресурс «Біологія математична» Г.Ю.Ризниченко
-http://www.library.biophys.msu.ru/mathmod/bm.html та http://www.library.biophys.msu.ru/LectMB/

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Програма курсу була розроблена у 2020 році. За основу при розробці курсу були взяті матеріали с он-лайн ресурсів:
Основы статистики.
Основы статистики. Часть 2
Основы статистики. Часть 3
Математическая статистика

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 2
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття
Викладач: канд. біол. наук., доцент Васильєва Наталія Юріївна
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології, Email:tatkamic@onu.edu.ua

Опис дисципліни:

Мета і завдання дисципліни.
Основною метою курсу є навчити слухачів вибирати оптимальні моделі молекулярної еволюції для різних типів послідовностей і самостійно отримувати філогенетичні реконструкції для встановлення родинних відносин, використовуючи найсучасніші програми філогенетичного аналізу. Даний курс призначений для студентів, які вже прослухали курс "Біоінформатика" і мають уявлення про основні алгоритми, які використовують в даній галузі біології. Також бажано (але не життєве необхідно) для слухачів мати навички роботи з R і/або Python і bash.

До завдань курсу належить формування у слухачів уявлення про основні поняття та методології молекулярної філогенетики, розвиток вмінь працювати з базами генетичних даних і проводити філогенетичний аналіз даних з використанням спеціалізованих програм. В рамках курсу будить висвітлені поняття гомології в молекулярної біології, філогенез і філогенія, кладограма і філограма, кореневі і без кореневі дерева, вкорінені дерева, нуклеотидні і амінокислотні заміни як ознаки, "сирі" і скориговані генетичні дистанції, матрично-дистанційні і дискретні методифілогенетичного аналізу, методи Байесата інше.

Зарезультатами навчання слухач повинен знати: основні поняття молекулярної філогенетики; методи молекулярно-біологічної філогенії; розбиратися в еволюційних моделях; знати види і методи розрахунку генетичних дистанцій; концепцію молекулярного годинника; види, топологію і методи побудови філогенетичних дерев; особливості застосування філогенетичного аналізу для вирішення різних завдань; володіти комп'ютерними програмами для проведення філогенетичної реконструкції.

Форми та методи контролю.Поточне оцінювання слухачів здійснюється під час опитування на заняттях. Модульний контроль з кожного змістового модуля здійснюється за допомогою виконання завдання на комп’ютері з використанням необхідних програм, що дозволяє проконтролювати рівень засвоєння матеріалу здобувачем.
Комп’ютерне тестування– результат сумарного контролю з теоретичних знань. Підсумкова робота, яка включає знання здобувачами необхідних програм для вирішення завдань молекулярно-біологічної філогенії.

Політика оцінювання:

Підсумковаоцінка є сумою оцінок поточного та модульного контролю.

Основна література:

1. Лукашев В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ: учебное пособие / В.В. Лукашов; ред. Л.А. Аксеонова.– М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. – 257 с.
2. Ней М., Кумар С. Молекулярная эволюция и филогенетика Киев: КВЩ, 2004. — 418 с.
3. Сингер М. Гены и геномы. Том 1 / М. Сингер, П. Берг.– М.: Мир, 1998. — 373 с.
4. Ратнер В.А. Краткий очерк теории молекулярной эволюции. / В.А. Ратнер–Новосибирск: НГУ, 1992. — 269 с.
5. Браун Т. Геномы: учебное пособие / Т.А. Браун. – Москва; Ижевск: "Институт компьютерных исследований", 2011. – 944 с.
6. Mount D.W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. / D.W. Mount –Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. – 692 р.

Додатковалітература:

1. Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004. – 267 p.
2. Bourne Ph. E. Structural Bioinformatics./Ph. E. Bourne, H.Weissig– Wiley-Liss, 2003. – 650 p.
3. Baxevanis A.D. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Second Edition. / A.D. Baxevanis, B. F. Francis. –Wiley-Interscience, 2001. – 650 p.
4. Page R. D. M. Molecular evolution: a phylogenetic approach / R. D. M. Page, E. C. Holmes . – Oxword: Blackwell Science, 2003. – 325 p.
5. DeSalle R. Techniques in Molecular Systematics and Evolution/ R. DeSalle, G. Gonzalo, Wh. Ward . - Birkhäuser, 2000. – 416 p.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Програма курсу була розроблена у 2020 році. За основу при розробці курсу були взяті матеріали с он-лайн ресурсу:
DNA Sequences: Alignments and Analysis
ПАКЕТИ «FASTCLUSTER» І «CLUSTER». ІЄРАРХІЧНИЙ КЛАСТЕРНИЙ АНАЛІЗ

Силабус

Робоча програма

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

CHARACTERIZATION OF THE BACTERIOCIN PRODUCED BY ENTEROCOCCUS ITALICUS ONU547 ISOLATED FROM THAI FERMENTED CABBAGE.

Викладач: Доктор біологічних наук, професор Галкін Борис Миколайович
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра мікробіології, вірусології та біотехнології . E- mail: bgalkin@ onu.edu.ua

Опис дисципліни:

Метою викладання даного курсу є надання знань з питань адаптивних реакцій мікроорганізмів до стрес факторів, одним із таких є біодеградація ксенобіотиків та основних ензимів, які метаболізують чужорідні хімічні сполуки.

Основне завдання полягає в тому, щоб дати здобувачам уявлення про основні стрес фактори навколишнього середовища та показати, які у мікроорганізмів існують адаптивні реакції, одним із яких є біодеградація ксенобіотиків, структуру і функції ферментів, які беруть участь деструкції чужорідних сполук, а також показати роль мікроорганізмів в очищенні навколишнього середовища від ксенобіотиків.

Результати навчання:

- знати загальні закономірності сучасної науки; труднощі і парадокси науки; соціально-культурні та екологічні наслідки техніки і технологій, форми наукових дискусій; принципи методології системного підходу в науці, основні поняття синергетики;
- знати основні стрес фактори навколишнього середовища ;
- знати основні адаптивні механізми мікроорганізмів;
- знати основні ферментативні реакції біодеградації ксенобіотиків ;
- аналізувати особливості мікробної трансформації ксенобіотиків від трансформації іншими організмами;
- проводити порівняльний аналіз біодеградації різних класів ксенобіотиків бактеріями та грибами для біотехнології їх утилізації .
Форми та методи контролю: Модульний контроль з кожного змістового модуля здійснюється за допомогою письмової контрольної роботи.

Основна література:

1. Porter, S. S., Bantay, R., Friel, C. A. et all Beneficial microbes ameliorate abiotic and biotic sources of stress on plants.// Functional Ecology 2019.- 15p.
2. Cao M., Goodrich-Blair H. Ready or Not: Microbial Adaptive Responses in Dynamic Symbiosis Environments// American Soc. Microbiol. 2017.- V.199.-iss.15.- P. 1-28.
3. Stock J.B., Ninfa A.J., Stock A.N. Protein phosporylation and regulation of adaptive responses in bacteria//Microb. Rev. 1989.- V. 53.- № 4.- P. 450-490.
4. Brunke, S., Hube, B. Adaptive prediction as a strategy in microbial infections// PLoS Pathogens, 2014.- V. 10.- iss.10.- e1004356.
5. Механізми біодеградації ксенобіотиків мікроорганізмами./ Галкін Б. М., Іваниця В. О., Філіпова Т. О. - Одеса: ОНУ, 2017. – 148 с.
6. Microbial Biodegradation of Xenobiotic Compounds / Young-Cheol Chang - CRC Press: London, New York, 2019. - 249 p.
7. Advances in Biodegradation and Bioremediation of Industrial Waste / Verma, J. P., & Jaiswal, D. K. – CRC Press: London, New York, 2016. – 479 p.
8. Jamaluddin M.A. A Review on microbial degradation of organophosphorous pesticide: Methylparathion / M.A. Jamaluddin, A.K. Pandey // Austin J. Biotech. Bioeng. – 2017. – Vol. 4, Iss. 1. – P.1074-1078.
9. Lewis-Ballester A. Molecular basis for catalysis and substrate-mediated cellular stabilization of human tryptophan 2,3-dioxygenase / [A. Lewis-Ballester et al.] // Sci Rep. – 2016. – Vol. 20, No. 6. – P. 1-13.
10. Musat F. The anaerobic degradation of gaseous, nonmethanealkanes – from in situ processes to microorganisms / F. Musat // Comput. Struct. Biotechnol. – 2015. – Vol. 13, Iss.1. – P. 222-228.
11. Saez J.M. An overview on microbial degradation of lindane / [J.M. Saez et al.] // In book: Microbe-Induced Degradation of Pesticides, 2017. - Ch. 9. – P. 191-212.
12. Wilkes H. Metabolism of hydrocarbons in n-alkane-utilizing anaerobicbacteria / [H. Wilkes et al.] // J. Mol. Microbiol. Biotechnol. – 2016. – Vol. 26. – P. 138–151.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

АДАПТИВНІ РЕАКЦІЇ МІКРООРГАНІЗМІВ ДО СТРЕС ФАКТОРІВ (ЛЕКЦІЙНИЙ МАТЕРІАЛ)

Силабус

Робоча програма

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Силабус

Робоча програма

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

Викладач: докт. біол. наук, професор Ткаченко Федір Петрович
Контактна інформація: Факультет біологічний, кафедра ботаніки, e-mail Tkachenko@onu.edu.ua

Опис дисципліни

Мета і завдання дисципліни Метою викладання цього спеціального курсу є передбачення розвитку патологічних станів рослин, викликаних порушенням у них різних метаболічних процесів під впливом паразитів, або несприятливих умов навколишнього середовища.

Основними задачами курсу є:

1. Ознайомити аспірантів з основними ознаками хвороб рослин;
2. Показати залежність розвитку хвороб рослин від умов навколишнього середовища.
3. Ознайомити аспірантів з сучасними методами і засобами підтримання імунітету рослин з метою збереження врожайності і якості рослинної продукції.

Результати навчання:

В результаті вивчення навчальної дисципліни аспірант повинен знати:

- як застосувати фундаментальні знання з теорії та практики сучасних молекулярно-генетичних та молекулярно-біологічних методів дослідження біологічних об’єктів;
- як взаємодіють організми в системі хазяїн-паразит, прогнозувати наслідки втручання у цю взаємодію;
- як проводити науково-дослідні та інноваційні роботи із захисту рослин.

Форми та методи контролю.

Оцінювання аспірантів здійснюється за 100-бальною шкалою. шляхом:

• опитування на практичних заняттях;
• оцінювання виконаних індивідуальних завдань.

Форми і види контролю:

Форма підсумкового контролю з дисципліни – залік.

Методи контролю:

Поточний контроль – усне опитування під час занять.
Підсумковий контроль – письмова контрольна робота.

Підсумкове оцінювання аспірантів здійснюється шляхом врахування всіх отриманих ними оцінок за поточного контролю та оцінки за контрольну роботу. Загальна оцінка з дисципліни розраховується за сумою балів, отриманих за результатами оцінювання самостійної роботи у вигляді письмового контрольного завдання та підсумкової контрольної роботи.

Основна література:

1. Фітопатологія. Підручник / за ред. Маркова І. Л. – К.: Вид-во Ліра, 2019. – 548 с.
2. Сільськогосподарська фітопатологія/ за ред. Маркова І.Л. – К.: Вид-во Інтерсервіс, 2017. – 574 с.
3. Дмитрик П.М. Фітопатологія. Конспект лекцій. – Івано-Франківськ, 2015. – 127 с.
4. Євтушенко М.Д. Імунітет рослин / М.Д. Євтушенко, М.П. Лісовий, В.К. Пантелеев, О.М. Слюсаренко. – Київ: Колобіг, 2004. – 303 с.
5. Костіков І.Ю., Джаган В.В, Демченко Е.М. та ін. Ботаніка. Водорості та гриби: Навчальний посібник, 2-ге видання, переробл. – К.: Арістей, 2006. – 476 с.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ:

МІКОЛОГІЯ (МЕТОДИЧНІ РЕКОМЕНДАЦІЇ З ОРГАНІЗАЦІЇ САМОСТІЙНОЇ РОБОТИ ДЛЯ СТУДЕНТІВ УСІХ ФОРМ НАВЧАННЯ)

Рівень вищої освіти – третій (освітньо-науковий)
Тип дисципліни - вибіркова
Рік навчання: 1-3
Кількість кредитів: 3
Види навчальних занять: лекції, практичні заняття

Викладач: Д.б.н., доцент Лобков Володимир Олексійович
Контактна інформація: Біологічний факультет, кафедра гідробіології та загальної екології, Email: zoomuz2017@gmail.com

Опис дисципліни:

Мета і завдання дисципліни Мета – ознайомитись з кількісними методами екології водних організмів та їх угруповань.

Завдання:

1) Послідовно з’ясувати методологію розрахунку біотичного балансу водних екосистем, як основи їх опису, вивчення та управління.
2) Огляд сучасних методів вивчення основних функціональних показників стану водних організмів, а саме їх продукції, дихання та живлення.
3) Розв’язування чисельних практичних задач, які складають основу практичних занять курсу для денної форми навчання.

Результати навчання. У результаті вивчення навчальної дисципліни здобувач вищої освіти повинен
знати:

-основні уявлення про біотичний та енергетичний баланс екосистеми та засоби його складання та обчислення;
-теоретичні уявлення про ріст і продукцію водних рослин і тварин, методи їх визначення з урахуванням факторів, що на них впливають;
-теоретичні уявлення про дихання гідробіонтів і методи його визначення.

вміти:

-аналізувати та оцінювати витрати, розподіл та використання енергії в екосистемах;
-прогнозувати стан популяцій та їх подальшу еволюційну тенденцію;
-на основі експериментальних та теоретичних даних з’ясовувати філогенетичні відносини популяцій, видів, інших систематичних категорій;
-виміряти та обчислювати продукцію, дихання та раціон водних організмів, складати та -розраховувати біотичний баланс водних екосистем.

Форми та методи контролю. Поточне тестування здійснюється шляхом опитування, тест-контролю знань здобувачів вищої освіти на лабораторних заняттях; оцінювання письмових контрольних робіт з кожного змістового модуля; оцінювання якості виконання та теоретичного осмислення практичних робіт.

Підсумкова атестація здійснюється шляхом врахування всіх отриманих оцінок за поточного тестування, оцінювання контрольних робіт.

Політика оцінювання. Реалізація основних завдань контролю знань здобувачів вищої освіти в ОНУ досягається системними підходами до оцінювання та комплексністю застосування різних видів контролю. Згідно з діючою в університеті системою комплексної діагностики знань здобувачів вищої освіти, з метою стимулювання планомірної та систематичної навчальної роботи, оцінка знань здійснюється за 100-баловою системою, яка переводиться відповідно у національну шкалу («відмінно», «добре», «задовільно», «незадовільно») та шкалу європейської кредитно-трансферної системи (ЄКТС –А, В, С, D, E, FX, F).

Основна література.
1. Александров Б.Г. Гидробиологические основы управления состоянием прибрежных экосистем Черного моря. – Киев : Наукова думка, 2008. – 343 с.
2. Альтернативна енергетика : [навч. посібник для студ. вищ. навч. закл.] / М.Д. Мельничук, В.О. Дубровін, В.Г. Мироненко, І.П. Григорюк, В.М. Поліщук, Г.А. Голуб, В.С. Таргоня, С.В. Драгнєв, І.В. Свистунова, С.М. Кухарець. – К. : «Аграр Медіа Груп», 2012. – 244 с.
3. Мусатов А.П. Оценка параметров экосистем внутренних водоемов. – Москва : Научный мир, 2001. – 191 с.
4. Алимов А.Ф. Введение в продукционную гидробиологию. – Ленинград : Гидрометеоиздат, 1989. – 152 с.
5. Одум Ю. Экология. – Т. 1. – М.: Мир, 1986. – 328 с.; Т. 2. – М. : Мир, 1986. – 376 с.
6. Основи екології: довідник для студентів класичних університетів / В. В. Заморов, Б. Г. Александров, І. Л. Рижко [та ін.]; Одес. нац. ун-т ім. І. І. Мечникова. – Одеса: ОНУ, 2012. – 115 с.
7. Парсонс Т.Р., Такахаши М., Харгрейв Б. Биологическая океанография. – М. : Легкая и пищевая промышленность, 1982. – 432 с.
8. Сытник К.М., Брайон А.В., Гордецкий А.В., Брайон А.П. Словарь-справочник по экологии. – Киев : Наук. Думка, 1994. – 666 с.

ПРЕЗЕНТАЦІЯ КУРСУ (Переглянути/Завантажити)
РОБОЧА ПРОГРАМА КУРСУ

МЕТОДИЧНЕ ЗАБЕЗПЕЧЕННЯ КУРСУ: